嘉靖七年（1528），王守仁赴思恩府平定叛亂。當時「暑毒日甚，山溪水漲皆惡流臭穢，飲者皆成疫痢，本院因見各賊既已掃蕩，而我兵又多疾疫死亡，乃遂班師而出」；萬曆三十年（1602）十二月，大學士沈一貫等人向明神宗題請，說詔獄的監房不多，且監地也狹窄，今年的犯人積下數多更無容處，雜囂臭穢瘟疫流行，冬來寒氣異常，尤難存活，一牆之隔即是通衢，搶地呼天，驚遠震邇，靜夜之際尤不忍，王之翰、周應麟、陳奇可、吳應鴻等多人因此相繼死亡，請求明神宗趕緊發落眾犯，明神宗卻「不報」。由於監獄的衛生較差，明代後期的高攀龍曾在擬好未上的〈申嚴憲約責成州縣疏〉中建議，「輕犯罪人勿得輕送監鋪，致染瘟疫」。
有人群或畜群過於密集者，而疏散人群可以減輕疫情。如洪武至宣德年間的虞謙，曾奉命督運大木，從潁州、陽武陸路拖曳後，從衛河運達北京。當時服役的軍士有萬餘人，正當「夏暑疫，役者多病」。虞謙說，這是因為人群聚集太密，應該把人群分散開；在迅速疏散士兵後，果然染疫者減少了；明代中期的夏言，在議論馬政時，曾建議由於「近日大雨時行、暑氣方溽、泥潦遍野、鬱蒸中人、群處則有疫厲之虞、露宿則有氓蚋之害」，主張夏季分散放牧，以避疾病。
萬曆七年（1579），欽差正使戶科左給事中蕭崇業、副使行人謝杰奉命敕封琉球國王尚永。二人曾記載：之前出海的船隻，之所以未發生疫情，主要就在於 「聞前使二舟，則艙闊人稀，可免疫痢之患」，而他們出使卻只有一條，「船艙止二十有四，除官府飲食器用所占，計三十人共處一艙；恐炎蒸抑鬱，則疫痢者多，雖盧醫弗能療矣，此二不善也。」後來天氣炎熱潮濕，「逾旬不至，天氣頗炎，船面雖可乘風，艙口亦多受濕；染疫痢者十之三四，竟不起者七人。」如果不是謝杰「於船面搭矮涼棚，使艙居者更番上坐以乘風」的方法來疏散人群，還會使得染疫者增多。當時出行的使船上，還特意配備一名叫何繼熙的醫生，目的就是 「備藥物、防疾疫」，明人謝肇淛曾比喻說，「竹太盛密，則宜芟之；不然，則開花而逾年盡死，亦猶人之瘟疫也。此餘所親見者。後閱 《避暑錄》，亦載此。凡遇其開花，急盡伐去，但留其根，至明春則復發矣。」
有罕見氣候異常者。弘治十四年 （1501）八月丙辰日，廣西融縣「昏刻一星，大如箕尾，長丈餘，自西南流西北方。河水陡紅濁如黃河，人民驚駭，且日炎如夏，夜寒如冬。疫瘴遍及廂鄉，甚至一家全無動爨者。」
有特殊的地理環境者，可能是地方病或自然疫源性疾病的一種，如明初人蕭正，曾任貴州安莊衛知事，該衛所在一處叫作白水山的地方，設有一處兵堡。每年駐守該堡的士兵都因「染疾疫十七八」，甚至「醫莫能療」。蕭正設法將該堡遷 移，改築在沒有疾疫的地方，才避免了更多傷亡。
