經過黃勝雄及院內同仁努力，二○○三年底門諾醫院成長為區域乙類教學醫院，規模擴為四百八十九床、醫師六十六名、專職員工人數八百三十人、偏遠社區醫療站二十九站，偏遠醫療門診一萬七千七百四十一人次，全年提供民眾醫療補助金額達九百六十四萬元。醫院主體建築也從兩棟擴建為四棟。
二○○四年一月，在門諾醫院擔任院長達十年之久的黃勝雄毅然將院長一職交棒，改任門諾醫院資源開發中心總執行長，兼相關事業機構總執行長，繼續為門諾推動老人社區等社會關懷願景效力。百忙之中，他還分身兼顧北醫、馬偕等醫院的教學門診，替醫學生授業、解惑，並在馬偕醫學院教授西洋醫學史和臺灣教會醫療史。
黃勝雄捨棄美國高薪，回臺灣之後也不斷「捐薪」。他捐出門諾醫院的半薪給醫院及基金會，到北醫和馬偕上課、演講的鐘點費也回捐給學校，「要培養醫學生不容易」，希望善盡棉薄之力，也以此鼓勵醫學生們，將來有能力要幫助更多人。
醫療不能唯利是圖
黃勝雄也關切臺灣醫學倫理以及醫療政策的推動。他在臺行醫期間，長年在北醫開設醫療倫理課程，也出版醫學倫理、關懷年長者的相關書籍，例如《路上的光》、《天使的眼睛》、《守護銀髮族》、《年歲的冠冕》等著作。「醫學之外要有更多人文素養」，黃勝雄說，醫學院的最大目的是培養好醫師，不是培養好的研究員，如果只會讀書、跟病人之間卻有高牆，那是本末倒置。
他發現科技進步，反而讓醫病關係變淡薄。許多醫師吝於花時間在病人身上，而且習慣用儀器去檢查病人，缺少與患者之間的「body language（肢體語言）」，醫病互動冷冰冰。健保制度的給付偏差更助長醫師看診只求效率，追求更大量以賺取更多的診察費、檢查費，病人排隊三小時，只看三分鐘的案例比比皆是。
黃勝雄認為，醫師若缺少了愛與關懷的情感，失去「尊重生命」的體認，那就變成賺錢的行業，「唯利是圖」。衛福部如果不從健保制度去改革，徹底解決醫界困境，那以後醫學生會完蛋。
「相較來說，我比較欣賞美國醫學生，美國醫學生知道自己為什麼要念醫學。」黃勝雄說，美國的醫學制是大學畢業才去讀，也就是「學士後醫學」，先讀一般大學四年，畢業後二十二歲再去念醫學系，這時心智已成熟，兼具人文素養；臺灣醫學生養成大不同，高中畢業就可以考醫學系，很多學生是奉父母之命，為了父母而念，這樣的心態就不對。「這是臺灣學制的問題，應該要變革。」
黃勝雄期許年輕一輩的醫師們，多用同理心、愛心去陪伴病患，不只是醫身、也醫心，讓病患得到心靈的撫慰。另一方面，他鼓勵醫師培養多方面的興趣以陶冶性情，「醫師每天要面對的都是生老病死的愁苦，生活非常單調，最需要以藝文均衡一下，不論是藝術、音樂都很好。」
