許多衝突產生於士大夫的上層儒學和八旗的通俗儒學之間。前述的李鴻藻丁憂請辭，慈禧就表示很不理解，甚至懷疑他是不是沽名釣譽？是不是有些大臣想藉此機會逼他下臺？這些懷疑在儒生看來，就是不該垂簾聽政的證明，因為先王之道就是憲法性原則。擁護不尊重憲法的領袖當權，這還得了！最後只有由倭仁和翁同龢等人聯袂解釋，才化解了一場危機。同治無子，醇王之子光緒繼位。禮部的大臣和御史吳可讀【註6】立刻看到：如果光緒的繼承人拒絕替同治傳遞香火，就會構成嚴重的憲法危機。慈禧一度感到不能理解，也說明她的儒學教育非常膚淺。她侵奪兒子和侄子的皇權，還認為這是小輩應有的孝順。
戊戌政變後，她喜歡看《天雷報》之類通俗戲劇，內容是不孝之子受到天罰，一方面說明她的品味委實不高，對比一下武則天就非常清楚。武則天是詩歌革命的發起人，宋之問和沈詮期的保護人，豪放粗糙的古體詩在她的宮廷裡演化成精緻典雅的近體詩。慈禧身邊沒有詩人，她甚至不喜歡當時公認比較高雅的昆曲。她保護和培養的京劇，在當時社會看來屬於通俗文化。賈母和王熙鳳喜歡看戲，左宗棠的周夫人【註7】肯定會認為有辱門風。士大夫的閨秀即使想要吟風弄月，也是李清照一流的人物。柳如是的詩歌入得了上流人士的法眼，京劇即使日本人都不放在眼裡。
這種愛好另一方面說明在她心目中，政策對不對還是其次，關鍵在於晚輩竟敢頂撞長輩，這就是大逆不道。儒家士大夫絕不可能支持她的想法。周禮的先例是毋庸置疑的：周文王的妻子、周武王的王后早已垂範在先，喪夫的太后應該把政務交給兒子，自己管好家務事就行了。太后篡奪兒子的皇權，同樣是僭主，必須受到千秋萬代的唾罵。何況根據大清家法，先皇應該任命攝政大臣託孤，而不應該由太后垂簾聽政。咸豐帝的遺囑並無疑義，完全符合周孔之道和祖宗家法。慈禧作為未亡人，竟敢撕毀丈夫的遺囑，蔑視先王之道，肯定要為憲法危機承擔主要責任。恭親王有「大清亡於方家園」之說，就代表了真正儒家應有的看法，但恭親王自己就是垂簾聽政的始作俑者，當然不能正色極諫，盡周公吐哺之道。
從儒家史觀看，慈禧奪權本身就是罪行。不合法的權力本身會產生出更多的弊政，因為忠臣不能服侍不合法權力，小人當國自然會引進更多的小人，用歪曲的倫理為自己辯護，最終用更大的錯誤掩飾最初的錯誤，最終導致王朝的崩潰。依據「趙盾弑靈公」的原則，恭親王和曾國藩、李鴻章做不到周勃、灌嬰與狄仁傑、張柬之的撥亂反正，已經有虧職守。而這種看法現在不大流行，說明儒家的傳統已經中斷。
