在那場戰爭，日本人似乎對敵人和自己人都沒了感情。他們能稀鬆平常地強暴19歲懷孕中國少女，用刺刀在她身上剜出29個洞，也能冷眼看戰友被炸掉半邊身體、骨架畢露，或將新生嬰兒拋入海中……到底是誰，能把日本人變成這副模樣？
第二次世界大戰結束後，日本被視為發動戰爭的邪惡侵略國，因此同盟國決定發起「遠東國際軍事法庭」，審判那些發動大戰、奪去無數平民性命的元凶。來自美英等戰勝國的11名法官，在東京審判以日本陸軍大將東條英機為首的28名「甲級戰犯」，一方面能給犯罪者應有的懲罰，一方面也警告日本人千萬別再犯下戰爭這種錯。
歷時2年、開庭818次、聽取419名證人證詞、779份書面證詞、以及4336件書面證物，遠東國際軍事法庭看似嚴謹無比，卻獨漏一名關鍵被告——
他是日本天皇，裕仁，一個號稱喜歡海洋生物，愛好和平，為戰爭痛心不已的男人。
強姦婦女、殺死嬰兒、引爆手榴彈自殺，都是為了天皇
1945年8月15日，幾乎所有日本人都守在收音機前聆聽「玉音放送」，那是他們第一次聽見神的聲音。天皇說日本輸了，戰爭要終止了，有人聽了這段話以後哭倒在地也有人表情木然，他們一瞬間失掉了未來。
日本竟會戰敗，這是日本人從未想像過的。他們從小深信天皇是天照大神的後代，日本人都是天皇的子民，要為天皇打一場以和平之名的神聖戰爭，就算被炸掉半邊身體、削掉大半頭顱也不害怕。為了避免落入敵人「白種惡魔」手中，不少平民被俘前會選擇自殺並結束孩子性命，即便是剛出生的嬰孩也能拋入海中，任由幼小屍骸飄浮。
他們可以放下自己的生命，自然也能對敵人殘暴無比，1946年遠東軍事法庭甫開庭，法官們就被傳教士約翰麥基的證詞嚇壞了，他口述在南京大屠殺時看見的日軍暴行：
「懷孕的19歲女孩因為強暴反抗，被刺29個傷口；7歲男孩被刺9刀，入院3天後不治；男人下巴中一槍，身上被淋汽油後點火，入院後2天不治……大約30萬男女老幼被殺死，遍地屍體，約2萬人被強暴，大部份被害人被斷手斷腳……」
一個有人性的正常人，怎麼可能幹這些事？但為了天皇，日本人確實願意犯下一切罪行。
如果無人能違背天皇旨意，軍閥要怎麼逼迫天皇發動戰爭？
但戰爭結束後，天皇突然變得與戰爭毫無關聯了。天皇陛下不再是神一般的存在，他脫下軍服、穿上西裝走入民間巡訪，笑容親切無比；他成了熱愛和平的君主，日本會發動侵略戰爭全是邪惡軍閥操作，與天皇無關，他只是迫於現實同意；他真正的興趣是在潮間帶撈撈小魚小蝦，過著與世無爭的日子。
到底是誰決定讓日本發動戰爭、四處殺人？這是盟軍在遠東國際軍事法庭最想釐清的問題，然而從1931年開始，日本在14年間換過16次內閣，大小官員來來去去，人數多到數不清，嫌犯根本是抓也抓不完。為什麼都換過16次內閣了，戰爭仍進行著，沒任何人反對？
蒐集越多證詞，法官們的眉頭也皺得越緊，他們發現這14年來有個人從未在政壇上缺席，就是那個號稱愛好和平的日本天皇。
儘管所有證人都說天皇開戰都是被軍閥逼迫的，但在一次開庭時，陸軍大將東條英機終於說溜嘴了：「天皇的臣民不管地位再高，都不能違抗天皇的旨意！」這時眾人才意識到，天皇最有權力拒絕開戰，即使開戰了，他也隨時都可以下令停戰。
而外交官東鄉茂德也不小心提到，其實偷襲珍珠港的那個夜裡，天皇曾緊急召見他，半夜三點還穿著軍服。這樣的天皇，怎樣也看不出來是為戰爭而悲慟的君主……
如果連天皇都不用為戰爭負責，日本人又為什麼需要檢討？
為什麼天皇明明一直站在權力頂端，卻能從戰犯審判裡缺席？原來在1945年來到日本的盟軍統帥麥克阿瑟發現，天皇是日本人精神凝聚的象徵，若起訴天皇，美國將無法控制日本人，他們會群起復仇、內戰不斷、甚至被共產組織把持，因此長達2年的審判裡，麥克阿瑟始終拒絕提訊天皇。
判決結果出來了。1948年12月23日，含東條英機在內的7名死刑犯被處絞刑，行刑後送上美國軍方卡車，載到橫濱火葬場，此外還有16名被判無期徒刑的戰犯待在牢裡，為過去的犯行負責——問題是，真正的幕後黑手，是否還安穩待在自己的宮殿裡？
「數百萬在戰時做過壞事的日本人開始想，如果連天皇都不用負責，我們不過是他的臣民，又為什麼要反省呢？」
記錄片《東京大審》也提到，來自印度的帕爾法官不認同判決結果，他主張被告都是因為愛國心才犯下這些暴行，應該全數無罪。
那麼這場戰爭，到底是誰有罪？沒有審判，就不會有原諒，也不會有反省，今日日本人似乎已淡忘戰爭，遠東國際軍事法庭到底實現了多少正義，至今似乎也是一團迷霧……
