該寺廟的建築群曾在1319年、1334年和1336年遭受過火災，大部分的建築群被燒毀了。花了大約20年的時間才能重建。本尊釈迦像在明治14年（1881年）再度遭う過火災而被燒失。唯獨是「三門」幸免延燒，這是在日本最古老的禪宗山門門。於1425年由足利義持重建三門，後來於1952年三門被指定為日本國寶。三門的高度有22米，雙層構造，被認為是在日本最華麗的禪宗佛教寺廟的大門。禪瞑想的地方的「禪堂」、廁所的「東司」、洗澡的房間的「浴室」也被保留，並保持14世紀初的様子。東福寺裏還有大廳的「本堂」與首席住職府的「方丈」，但這些是在19至20世紀被重建的。
