去中國中心？
其實從宣稱非漢文史料至關重要這點來看，就能發現新清史的不確定性與嘗試性，以致於許多早年的論述到現在都必須轉彎，或因學者看法不同而分崩離析，例如新清史學者們的第二個「新穎」之處：「開展去漢人中心視角的歷史敘述」。
其實早在新清史之前，這就是內亞研究與滿學研究的傳統精神，甚至研究隋唐的陳寅恪先生也早就在相關著作中強調過「關隴集團」與「涼州文化」在唐朝的主導地位。但新清史的學者們之所以覺得自己「新」，正是因為他們不從內亞、清史或滿學研究的角度來論述自己，而是從中國研究這個角度，這就是為何他們看似研究內亞，卻幾乎不與內亞學界對話；也是為何新清史的文章幾乎不曾上過任何一個內亞研究的主流刊物，卻偶爾會成為其批評的對象。
如果以美國學界的中國研究這個角度來看，新清史確實有些新處，也就是其企圖從清朝這個朝代提取中國的「帝國」、「內亞」、「族群」元素，來解釋明清以降的中國史，並分析、預測中國今後的發展，這或許可視為美國中國研究的一支內亞族群轉向，只是如此一來會引發什麼爭議，也就可想而知了。首先是用族群理論來分析中國史並擴並政治現勢，當然引發兩岸學者的滔天批評，也讓自己同室操戈，例如濮德培就曾表示「中國的合法領土其實只有漢地18省（China Proper）」、米華健也說「清代之前中國根本管不到新疆，新疆怎麼會是中國的合法領土」，這些論述當然不犯法，但依照這種邏輯與標準，新墨西哥州、夏威夷跟阿拉斯加也不該是美國的合法領土；另外為了讓自己的論點站得住腳，不免有讓民族主義列車超趕歷史進程之嫌，例如雖被歸為新清史陣營一員、卻始終不願承認的柯嬌燕就批評歐立德創造了一種「滿族民族主義」，柯嬌燕認為清朝建立時，「滿族」意識根本還沒誕生，旗民之分大過滿漢之別，並認為「滿人中心論」在天下秩序中其實不扮演任何角色；另外歐立德也被濮德培批評過於放大滿人的角色，從而忽略了蒙古人在清史中的重要性。
另一個較大的爭議，則是新清史學者在訴諸清朝內亞性的同時，逐漸政治化內亞，最後就成了用大內亞主義來取代大中國主義，失去了原先去中心的反霸初衷。內亞本來只是地理概念，卻在他們的論述中逐漸上升為文化概念、政治概念，最後儼然成了國家概念，故新清史認為清朝是中國史的重要斷點、突變點，因為他們視角內的「傳統中國」只有宋明兩朝，其他全為內亞中心的延伸，這自然也引來中外學者批其「矯枉過正」。但這也是過去的事了，歐立德近來提出，「清朝並非中國史的特例，融合－衝突本就是中國歷史上常見的現象，元、遼、金、明皆為如此」的論述，這其實已與中國主流歷史敘事相去不遠。歐立德的轉向其實也體現在其新書《皇帝亦凡人》中，除去滿漢有別、強調乾隆滿州認同的部分，整本書論述下的中國史，其實跟傳統的描述相去不大。
