我國憲政運作的實際困境
這樣的政治困局或許與台灣政治轉型、朝野嚴重對峙有關，然而更關鍵的問題在於權力規範不清、責任追究無由的不良的憲政設計。這套憲法不僅無法爲台灣政治發展提供足為範式的指引圭臬，相反的卻在政壇供應朝野、府院相互扯絆的疆繩，讓朝野相互纏繞，扼殺我們國家前進的生機。
在威權強人逝去後，我國經過七次漫長的修憲歷程，卻設計出了一套府院權責不清；行政、立法兩權有極高可能相互衝撞卻難以紓解的糾結憲政制度。其主要癥結有下列數端：
一、總統對行政院長的任免權
1997年第四次修憲，在國、民兩黨聯手運作下，剝除了立法院的行政院長同意權，由總統直接任免行政院長，不必經過國會的同意。如此規範雖可翦除不肖立法委員藉同意權趁機勒索的機會，可是也為我國憲政運作埋下一枚隨時可能引爆的地雷。因為，當國會多數黨與總統政黨屬性相左時，則可能會產生行政、立法兩權極大的衝突。總統極有可能不顧立院生態逕自任命行政院長以推行執政黨之政治理念或承諾。對此，立法院自然傾向抗衡到底。是故當行政院的法案到了立院後，在多數黨的杯葛下，每每造成國家政策和法案的停擺空轉。而當總統與國會多數黨政黨屬性相同時，行政、立法兩權之間不會有太大的矛盾。可是由於總統對於行政院長擁有絕對任免之權，行政院長運籌政策之際，不免要顧及總統觀瞻；嚴重者，總統甚至不顧行政院為國家最高行政機關之憲法定位，透過黨政協商機制親自操盤決定重要法案、政策，再交付行政院執行。
陳水扁執政時期，總統與國會多數黨分屬不同政黨，行政院法案即屢遭國民黨杯葛。最直接的例子就是對美軍購案、中選會組織法案及2007年總預算案的遭到擱置。而當行政院政策無法推動或面臨國會杯葛，總統所能做的只有不斷更換閣揆。陳水扁時代，我國憲政運作即陷入如斯困境。及至馬英九執政時期，總統與國會多數黨同屬國民黨，行政、立法並無嚴重爭衡問題。然馬氏基於個人政治理念與歷史定位，操持不少政策的決策過程。有些爭議政策出爐，國民黨屢屢動用黨紀，強令該黨立法委員背書。及至政策無法有效推動或引起民眾強烈反彈，立法院卻無法追究總統責任，只能以行政院長作替罪羔羊。
由此觀之，此一修憲條文後遺症實屬嚴重，其可能致使國家陷入府院權責不清、朝野僵持、政治體系失能之危機。此恐非始作俑者所能料及。
二、總統有權被動解散立法院
第四次修憲取消立法院對行政院院長之任命同意權，但也給予立法院不信任投票權，總統則有權被動解散立法院。此一修憲精神一直延續到第七次修憲，未有更易。所以現行憲法增修條文第2條規定：「總統於立法院通過對行政院院長之不信任案十日內，經諮詢立法院院長後，得宣告解散立法院。」依此條文，總統只有被動解散立法院之權，倘若立法院未通過行政院長的不信任案，則總統無權解散之。
