由此觀之，行政院雖為我國最高行政機關，但總統仍然具有相當程度的決策權力。例如，總統可透過國安會議，議決國家安全大政方針；為避免國家或人民遭遇緊急危難或應付財政經濟上重大變故，總統得經行政院會議之決議發布緊急命令，為必要之處置。
不只議決國家安全大政方針、發布緊急命令。憲法增修條文第二條，總統發布行政院院長與依憲法經立法院同意任命人員之任免命令及解散立法院之命令，無須行政院院長之副署。亦即總統可依個人意志任免行政院長，無需受到任何掣肘。
依照憲法規定，行政院是國家最高行政機關，但是行政院長又受總統直接任命。兩者之間就產生了一種微妙的關係。亦即，當政務推動發生困難或重大政策兩人意見分歧時，由誰拍板？如若放手讓行政院長貫徹意志，操持政綱，總統不免擔心有朝一日會被架空，或難以落實自己對選民的承諾。但若事事聽從總統決策，行政院長無異成為總統的幕僚長。這對稍有自主性的政治人物來說，都是難以接受的事。不少經驗例證顯示，剛組閣時，行政院長和總統之間或許會有或長或短的蜜月期，但等到蜜月期退去之後，兩人之間的關係，就常如水火。例如郝柏村上台時，李登輝形容雙方關係如「肝膽相照」；及至下台之際，郝氏自稱和總統的關係是「肝膽俱裂」。府院之間權力競逐，幾至相互視如寇讎，可見一斑。到了陳水扁執政，運用權力高位，擺弄最高行政機關，更無憚忌。八年任內，五度更換行政院長，導致諸多中央政策無法延續、行政官員五日京兆。亦為日後國政之頹唐、政黨之敗績，預埋伏筆。
除了權力高位之爭，職責範圍也是易致紛擾之源。經過李登輝、陳水扁執政時期所累積的政治運作模式，外交、國防、軍事、兩岸等領域的決策權，二十幾年來幾乎都是由當時的總統全權操持，例如李登輝的兩國論；陳水扁的一邊一國、對美軍購、烽火外交等。而一般有關內政、經濟、財政、交通、環保、勞工等事務，因政策的抉擇有較高現實性與動態發展性，李登輝、陳水扁執政時代，表面上仍屬行政院之權責。然而馬英九執政後，海峽兩岸經濟合作架構協議（即ECFA）、美牛進口、證所稅課徵、油電雙漲、十二年國教這些民生、教育政策卻幾乎都由總統親上火線，定奪決策並向國人說明。如此事畢躬親、廣泛涉入國政的執政風格，顯然是與之前的憲政運作習慣有所乖違的。而且由於證所稅、十二年國教、服貿協議、特偵組監聽案幾個案件推動方式頗有疑義，搞到府會關係緊張，循至政策無法有效地推動。致令社會人心惶惶、民生紛擾。政府甚至在2014年學運時期慘遭癱瘓。然對於裁奪相關政策的總統，國人卻無法究其責任。
