提到他在國民黨內的波折起伏，馬英九說自己並不曾懷疑過自己，「我知道那時國民黨內希望我下台的人是錯的，現在有很多人在這次立委選舉中也沒有再當選。當時我感到很沉痛，但不是為我個人，而是擔心國民黨。現在再回頭看，四年前如果黨內支持我的改革，現在也許不會被人家貼上『黑金』的標籤，也許就不會有這樣的下場。」
馬英九曾說：「我化成灰也是國民黨員。」現在說他是國民黨內振衰起敝的關鍵人物，他說：「我倒不覺得國民黨只剩下我一個人，沒這麼嚴重。只是，在我們還有些人才的時候，要如何把這些不願意離開的人團結起來。」
他的父親馬鶴凌曾幾次在他人生的轉折上起過重要作用，包括最初進入總統府，以及最近參選台北市長。
也許是因為馬英九長相俊美，大家總愛對他微笑，他也必須微笑回應。他笑久了，人們便以為他天生就長得如此，因此他不笑時，特別顯得嚴肅而陰鬱。提到父親的影響，馬英九便嚴肅起來。
「念完書回國服務是我原先就計畫的，從政也是。我從高三準備第一志願考法律系，就是要推動國家的民主與法治。念法律也是我說服我父親的，他當初並不贊成。有些書可能是為了使內容比較戲劇化，大幅度擴張了別人對我的影響，好像我是一個沒有主見的人。」講到這裡，他顯得有些不悅。
如果還有機會回到當初決定從政的那個點上重新抉擇，馬英九還會選擇從政嗎？究竟什麼才是他真正想過的生活？
「其實我也有過幾次重新選擇的機會，四年前我辭掉政務委員回學校教書，當時的計畫就是透過教書訓練人才。我當時預計我們會加入WTO，需要很多國際上的法律人才，我就開這方面的課，讓學生熟悉國際法律事務。我甚至訂了一個十年計畫，每年培植一定的人，十年可能培植上百個人。」
只可惜不到一年，馬英九就因為眾人的期許而含淚放棄這個大計畫，投入台北市長選舉。當時還引起他任教的政大學生強烈反彈。
他有時顯得像是台灣中最後一個全心為民主與法治盡力的人，但其實又不是那麼的全無算計。例如做政務委員辭官，卻種下日後參選台北市長的種子。人生有得有失，他似乎總是得的多，失的少。
接下來是三年後的總統選舉，雖然他絕口不談，但所有人都相信他不會缺席。一次市政報告裡，議員追問他如果黨徵召他會否參選，他被問得無處可逃，只好說：「不如陳議員幫我問問黨有沒有這意思好了。」備詢時，他常露出「受了委屈」的可憐神情，好像癟一癟嘴就要哭出來了。
馬英九可說是政治人物中較具幽默感的。但他的幽默只有兩種人不欣賞，一種是角色上與他職位衝突的市議員們，一種是愛護他的小市民。
