為了「國家生技園區」未能如期完工，馬英九總統視察時公開表達「震驚與失望」。為此，「削」了中研院十分鐘，還當著中研院長翁啟惠的面說，「希望翁院長能確實督導，和施工單位把事情弄清楚，絕對不能再延後了。」中研院自一九二八年創院以來，翁啟惠成了第一位挨總統刮的院長，其情其景委實難堪。
胡適要「毀黨」， 蔣介石以「共匪」比之
翁啟惠不是第一個被總統罵的院長，史上第一位被痛罵的院長是胡適，不過，罵他的蔣介石即使被胡適氣到夜不能寐，也從未敢公開對胡適置一惡詞，只敢吞了安眠藥在日記裡一鞭一鞭抽，最有名的一次，當屬一九五八年四月，胡適就任院長，蔣介石在胡就職典禮上致詞盛讚胡適道德文章，期勉中研院「應」擔負起復興民族文化之艱钜任務。胡適不但不領情，隨後上臺還兩度指陳蔣介石（ 誇獎他的話）「是錯誤的」，並強調中研院應該「為學術而學術」。氣到蔣介石當晚睡不著覺，在日記上如此紀錄：
「今天實為我平生所遭遇的第二次最大的橫逆之來。第一次乃是民國十五年冬、十六年初在武漢受鮑爾廷宴會中之侮辱。而今天在中央研究院聽胡適就職典禮中之答拜的侮辱，亦可說是求全之毀，我不知其人之狂妄荒謬至此，真是一狂人。今後又增我一次交友不易之經驗。而我輕交過譽，待人過厚，反為人所輕侮，應切戒之。…」
對胡適自大陸時期就標榜自由人權憲法，蔣介石早有不滿，胡適在上海為新月出版《人權論集》，區區千言不過重點在「上帝我們尚且可以批評，何況國民黨與孫中山」，這本小冊子就被禁了，且傳聞紛云指國民黨上海市黨部決定「擒賊先擒王」，要以嚴峻手段整治胡適，胡看看苗頭不對，立刻辭別上海重返北平「整理國故」去了。
遷台後，迎回胡適主持中研院，蔣介石與胡適的緊張關係也未嘗稍解，蔣介石在日記中，對「政客以學者身份向政府投機要脅」耿耿於懷，在胡適與蔣經國見面後，聽聞蔣經國轉述他們的談話，蔣介石如此批評：
「以今日一般政客如胡適等無道義，無人格，只賣其『自由』『民主』的假名，以提高其地位，期達其私欲，對國家前途與事實概置不顧，令人悲歎……經兒婉報胡適與其談話經過，乃知其不僅狂妄，而且是愚劣成性，竟勸我要『毀黨救國』，此與共匪之目的如出一轍，不知其對我黨之仇恨甚於共匪之對我也。可恥。」（蔣介石日記，1958年5月30日）
蔣介石對胡適惡之痛之竟比之為「共匪」，在那個年代，可能一念成災，但終究蔣介石公開還是得裝出一個敬重學者的姿態，從未公開羞辱之。從這個角度看，馬英九真是太不給中研院面子了。
一生抱負竟延宕，翁啟惠責任難推
但是，胡適私下被罵是為了自由民主，還要蔣介石「毀黨」，翁啟惠挨罵卻是為了工程沒完工，檔次不可以道里計。中研院挨罵有沒有道理呢？「國家生技園區」是馬政府的重大產業政策，卻非始自馬政府，事實上，這個計畫始自二００一年扁政府執政時期，翁啟惠返台接掌中研院，很大部份就是為了這個園區，質言之，有這個園區翁才有回台的誘因，這個園區理應是翁啟惠一生抱負的結論。
然而，兩任總統一致支持，十四年卻搞不定一個園區，誰該負責？馬英九雖然說「我們都有責任」，但是，這個計畫項目既不在經濟部、科技部、衛福部下，就是在中研院預算項目之下，總不成中研院的計畫還要行政院插手監工？何況中研除了院長還有三位副院長和總務辦事處，行政配備不可謂不周全，要把責任往外推確乎不容易。
扁政府不提，僅僅就馬政府第一任，先是有環保團體以濕地之名抗爭，還鬧出作家張曉風下跪事件，好大風波過後才搞清楚濕地在西北邊，園區在東北邊，相差兩公里，軍方作梗不言可喻；曾經一度時任行政院長的吳敦義甚至有意協調換地算了，還讓林中森帶著找林口的地；好不容易國防部同意遷出，涉及彈藥庫週邊要有緩衝區，還有民間私地徵收問題，徵收土地高達十幾億預算，翁啟惠完全沒輒，三年前馬英九親自協調，讓行政院編出預算完成徵收，可以說，從最早的環保抗爭到後來的預算編列，馬英九親力親為，就是為了能在他卸任前的明年四月完工，沒想到，不但工程要延後一年，甚至中研院大氣不吭，這樣一個大計畫一拖就要到後年。
兩任總統十四年搞不定，一葉知秋
眼看著政績拱手讓人，馬英九訓完中研院也未必能解氣，大概要和蔣介石一樣夜不能寐了。至於翁啟惠一肚子憋屈大概也無處可發，誰叫他是中研院長，還是這個計畫的關鍵角色，責無可推，麻煩的是，馬英九罵完人還有結論：要翁啟惠盯得緊催得牢，「全力以赴，要求趕工，不能降低品質，一定要如期完工。」園區不是組合屋，要在五個月內「如期完工」豈非天方夜譚？
不擅與人硬槓的翁啟惠，還能怎麼辦？園區那麼大，建物不只一個，雪山隧道「通車典禮」都能辦六次，這個園區既是「鑽石行動」，大概也省不得多辦兩次完工典禮。好笑嗎？難堪嗎？這就是台灣重大工程與政府治理（當然包括中研院）失能的典範代表作之一，留為殷鑑，未來很難講會不會再發生。
