隨後張天欽火速請辭。而從擔任主委後，就認為自己實際上被「架空」的黃煌雄，事發後在各界壓力下，「為了解開朝野不必要的政治僵持」，也掛冠求去，改由專任委員楊翠出任代理主委職務。
對於張天欽的「東廠說」，行政院長賴清德於9月12日向社會道歉，並表示會成立調查小組釐清真相，向社會大眾說明。但蔡政府所做的一切，依舊無法挽回民眾對促轉會的信任，甚至對民進黨新北市長參選人蘇貞昌的選情造成巨大衝擊。
前立法院長王金平受訪表示，轉型正義有其必要，但正義不可因為權力而轉型，他並讚許促轉會前副研究員吳佩蓉挺身扮演「吹哨者」，才讓整起事件曝光，「吳佩蓉是珍寶，是執政黨需要的良心。」
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【8】普悠瑪翻車：18死換來的教訓，揭露台鐵腐朽黑幕
10月21日下午4點50分，台鐵6423車次普悠瑪列車在宜蘭蘇澳附近的新馬車站出軌翻覆，造成18人死亡、215人輕重傷，是東部線史上列車翻覆最大傷亡。
根據檢方公布的43分鐘通聯紀錄，6432車次普悠瑪列車從發車就狀況百出、卻未及時更換列車，事後台鐵不斷被爆出內部管理、列車維護、安全系統弊端。
台鐵面對翻車案，處理態度備受外界質疑，包括第一時間對外表示，事發主因是司機尤振仲沒有回報關掉自動防護系統（ATP），不久後卻被媒體曝光通聯記錄打臉；後續又傳出有台鐵員工因投書評論事故遭到打壓，引發輿論不滿，宜蘭地檢署的立場也遭受質疑。
台鐵局長鹿潔身因為這起案件請辭下台，翻覆意外2個月後，行政院調查小組12月21日公布行政懲處名單，台鐵部分，究責範圍擴大至採購普悠瑪以降，前兩任台鐵局長范植谷、周永暉也遭列入懲處名單。另外，包括台鐵副局長何獻霖在內共等17人最高處以1大過，並調離處分；至於司機員尤振仲等其他9位一線工作人員，因配合司法調查程序，不在這波懲處名單中，將待調查結果出來後，再來釐清責任。
為何會發生這起重大事故？行政院調查報告指出，如轉彎超速、主風泵異常無法有效排除，以及ATP被關閉等都是原因。但外界更關心台鐵長年以來積累的的結構性缺失，期待政府改善鐵路硬體設施的不足、增強危機處理能力，並且解決台鐵人力不足的問題。
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