黃煌雄說，十月六日他發表辭職聲明前，「我的秘書、促轉會工作人員，幾乎沒人知情。」黃煌雄離開得如此絕決，他認為是為了給促轉會一次浴火重生的機會，如果主政者的回應態度仍是被動消極、以拖待變，促轉會將時時陷入挨打境地，甚至會如鐵達尼號撞上冰山，最後變成殘局。
黃煌雄說，賴清德在選後所提敗選檢討，提及促轉會的「東廠事件」嚴重挫傷政府公信力，使改革蒙上陰影。這個警訊，他在選前就曾擔心「九一二事件將給反對力量提供薪柴」。民進黨大敗後，他的憂心更為沉重。做為首任主委，黃煌雄說：「我有責任，也有感情提出轉型正義主張。」這也是促轉會浴火重生的路徑。
「慎選促轉會新團隊，重新出發。」黃煌雄認為，促轉會有兩年任期的時間緊迫感，應加速擬出最後十五個月的工作進程。至於轉型正義究竟要走南非和解或德國究責路線？他認為，應該是走具有台灣特色的轉型正義，在做法上，應如蔣渭水的主張：「把持理想，凝視現實。」
藍委踢館，承受此生最大指控
黃煌雄任內曾規畫四波政治犯撤銷罪刑宣告，第一波（十月五日）、第二波（十二月十日）、第三波（明年二二八）、第四波（明年五二○），甚至也規畫成立轉型正義資料庫，他希望能與撤銷罪刑宣告同列為促轉會兩大亮點工程。
往事如煙，如事亦不如煙。黃煌雄並不想回顧不愉快的往事，但九月十七日藍委至促轉會踢館，高喊「東廠魏公公」，「這是我此生遭遇到最大的控訴。」從黨外到現在，他都在追求公益、為弱勢發聲，從來都不需要向人道歉，不料竟為東廠事件道歉多次。
