另一方面，國民黨主席吳敦義雖是勝選黨魁，卻反而四面楚歌，不但黨內有中生代挑戰主席權威，黨之制度，黨外也有大量民意反對吳主席競選“總統”。值得一提的是，目前政治地位高的政治人物中，唯有吳敦義的民意支持度低於蔡英文。
大家都在挑戰黨中央，都在討厭黨主席，是否意味著列寧式政黨的消失呢？
關於此，國民黨的質變可能比民進黨更具有觀察價值，因為國民黨黨中央已無資源可牢牢掌控黨機器，而蔡英文對黨內仍握有壓倒性的資源優勢。那麼，這幾週國民黨黨內掀起的“總統”提名制度之爭，就是最佳觀察點。
前國民黨政策會執行長蔡正元形容，目前吳敦義的處境是“高黨意，低民意”，堪稱貼切。作為一個剛性政黨的黨魁，黨內權力架構多為主席人馬，攫取“高黨意”乃理所當然。黨中央作為黨內制度的制定者與決策者，產生有利於黨魁競選“總統”的提名制度，也是傳統流程。因此，挑戰者必然要質疑黨內權力結構的民意基礎薄弱。
於是有了「黨員投票 v.s. 全民調」的制度爭議。
挺主席派主張，“總統”參選人的提名，參考的數據應依據“三成黨員投票+七成全民調”。反主席派則主張，就只能是全民調。事實上，國民黨是遲至2016年選舉前，才納入全民調，讓洪秀柱順利成為參選人，此前，黨內的“總統”人選都是“當然人選”，沒有依賴數據的必要。
挺主席派強調，當初洪秀柱能順利通過全民調，是因為民進黨支持者惡意“灌票”，讓國民黨推出較弱的對手，以致因“立委”們顧慮自己的選情，群起逼朱立倫取而代之，才上演了“換柱”，所以只依據全民調有危險性。但反主席派強調，“換柱”不但沒有挽救“立委”選情，甚至釀成支持者大量棄投的慘劇，這類全然不顧民意的作法，只會重創國民黨選情。兩造各執一詞，相持不下。
黨意與民意之爭，就是列寧式政黨最大的內部挑戰，也是一個在普選制度下的剛性政黨難題。
誠然，全民調有可能讓黨推出一個徒有高知名度，卻無吸票能力的參選人，如這次地方大選裡的桃園陳學聖，台北丁守中皆敗選，而非經由全民調產生，由黨中央指定的參選人韓國瑜反而大勝即為顯例。不過，也不能否認，“總統”參選人的重要性遠大於地方首長參選人，必須更重視民意支持度。至於黨員投票，上一次黨主席選舉時就有人頭黨員的亂象，且誰的黨內樁腳多，誰就具有優勢，黨意也時常與民意背離，如當時韓國瑜就在主席競選中落敗，現在個人聲望卻大於整個國民黨。現在看當時的得票率，簡直是民意與黨意落差大的最佳範例，吳敦義奪得52.24%，韓國瑜僅5.84%。
