就職總統數天之後，阿方辛透過電視和電臺對全國演說。他的使命是建立一個法治的社會，讓人權侵害在未來不再發生，而赦免加害者顯然和這項使命衝突。對真相的追求必須毫無止境，可是處罰卻必須有所限制。因為處罰的動機不是為了報復，而是防止未來再度發生，而民主的政治過程也需要所有人的參與。阿方辛並宣布，他將廢止軍政府頒布的赦免法，因為它既違反道德，也違反憲法。演說之後，阿方辛下令成立「失蹤者國家委員會」，成員包括反軍政府的作家、新聞記者、法官、學者、牧師與教士等。委員會在隨後的幾年間，勘查了三百四十處祕密拘留中心，調查七千多個案件，整理出五萬頁的證言，其中包括焚毀屍體的方式、以及對女性政治犯的強暴和變態性侵。委員會的報告《永不重蹈覆轍》於一九八四年出版，一年內賣出二十萬冊，並翻譯成多國語言。
布宜諾斯上訴法庭根據委員會報告中的資料，開始整理起訴名單。一九八五年四月二十二日第一次開庭。全國各都市都有大規模群眾集會，熱烈支持審判。當六位法官進入法庭，以前人見人畏的幾位獨裁者被迫起身致敬。這個鏡頭透過電視傳遍全國，令許多人熱淚盈眶。審判進行中，獨裁者的辯護律師對法官出言不遜，立即遭法官命令法警加以逮捕。這個「世紀大審判」總共傳喚了八百三十二位證人。九月十一日，檢察官宣讀起訴書，其中論述：軍政府帶來的傷害遠大於它欲防止的危險；阿根廷從來沒有過軍人政府所說的「戰爭」，而如果真有戰爭的話，被告們就是戰爭罪犯。兩週後，幾位前獨裁者被告在辯護詞中宣稱，這是宗教審判法庭，他們唯一的罪是他們戰勝了左派顛覆運動，他們也因這項罪名感到驕傲。十二月九日法庭做出判決。前獨裁者韋德拉（Jorge Rafaél Videla）在六十六件殘酷殺人案、三百零六件剝奪人身自由案、九十三件刑求案、四件刑求致死案皆有罪，判處無期徒刑。前獨裁者海軍總司令馬色拉（Emilio Massera）亦判無期徒刑。另一獨裁者維奧拉（Roberto Eduardo Viola）判處有期徒刑十七年。可是，事情並沒有結束，未來還有一段漫長而曲折的路程。
一九八六年，由於阿方辛總統下令「最高軍事法庭」只起訴人權迫害行為的決策者，而放過接受指令的執行者；同時也由於軍事法庭對起訴的延宕，許多法院在不滿中紛紛主動承辦案件。這導致最高軍事法庭幾位法官辭職抗議，之後對加害者的起訴幾乎全由一般法院負責。然而這也引起了軍方的不滿。一位上校公開宣稱，他不會容許他的部下接受一般法院審判。阿方辛立即將他解職。不久之後，一位上尉被指控：曾經以槍口頂住兩位年輕人的後腦，開槍加以謀殺。在法庭發出拘捕令之後，他強力拒捕，而軍隊也立即派他到西班牙出差。在軍隊和政府處於高度緊張的關係中，阿方辛總統向國會提出《完全停止法案》（Ley de Punto Final），即所有對人權侵害的控告，都必須在六十天內提出，逾期法院不再受理。這項法律招來廣泛的批評，一位法官辭職抗議。不過全國的法院卻也開始為加緊起訴加害者而忙碌，法官們甚至自動取消了例行的暑假。在這繁忙的二個月中，各地的檢察官總共提出了四百件起訴案。
