政黨是以理念、價值、路線為主，而派系是靠人的關係，以利益分配所組成的政治組織。國民黨政權是威權體制，來台後中央沒有明顯派系，但在地方以兩個以上派系相互制衡，利用鄉鎮市公所、農漁會、水利會等做為地方派系的組織。反觀民進黨中央因為初選制度的演變，黨內由派系組成，相對的，地方則主要是認同政黨而非派系。
民進黨中央回歸選舉機器
台灣民主化之後，政黨輪替成為常態化，民眾普遍認為民進黨地方執政政績比國民黨表現較好，而中央執政卻不如國民黨。但是國民黨在二○一四年、一六年慘敗之後，黨中央呈現疲軟，地方派系紛紛自尋出路，有人投靠民進黨，有人改以無黨籍，甚至推出第二代參選；但剛結束的九合一大選出現了轉變。
這場選舉的特色可以總結為三點；反綠、派系與傅崐萁模式，前兩點是指內部政治變化，第三點是指兩岸關係變化。
國民黨支持者踴躍投票，反綠動員成功；綠營支持者對蔡政府執政不滿而投票意願低。國民黨勝選，地方派系的動員成功是一大因素，甚至原本倒戈民進黨的鄉鎮市長或村里長，在選前紛紛回歸派系的號召，選情出現跌破眼鏡的態勢。
民進黨敗選之後，總統蔡英文請辭黨主席、洪耀福請辭秘書長，黨主席啟動改選。民進黨黨中央的中常會一直是共識決，且屬性比較像選舉機構。台灣政治體制，總統提名行政院長，但內閣運作是屬於行政院長的權力，而非屬於總統。
陳水扁執政時期，為與內閣部長搭建有效的溝通平台，故修改黨章，總統「得」兼黨主席，利用中常會做為總統與內閣、黨的互動平台，邀請部會首長至中常會報告。
如今隨民進黨敗選，總統不兼黨主席，黨再度恢復為選舉機構，未來總統、區域立委、不分區立委提名與輔選，成為民進黨新的黨中央接下未來兩年的任務。
國民黨中常委將超過五十人
蔡英文缺少黨這個平台，就失去國會議員的提名權，總統權力在行政、立法及黨三角關係中少了「黨」這個支柱，她可以說提前成為跛腳總統，台灣的雙首長制會向內閣制傾斜。
民進黨黨中央回歸在野時代的選舉角色，行政與立法權的角力將逐漸白熱化，畢竟立委們面臨選舉的壓力，會要求行政院政策需配合「民意」。未來行政權需要納入更多國會的意見，或讓國會議員轉任部會首長，比較能符合內閣制精神。
而國民黨方面，在馬英九時代為了弱化地方派系對中央的影響力，限縮中常委的任期，甚至以賄選為理由改選，並將任期改成一年。而且在中常會上再架構中山會報，等於弱化中常會的決策權。
馬英九卸下黨主席後，中常委任期放寬為一屆兩年。今年九合一大選國民黨地方縣長取得十五席亮麗成績，勝出者幾乎都出身地方派系，或由地方派系支持選上的，國民黨地方派系壓倒過去外省菁英。派系有組織、戰鬥力，但缺乏論述能力，本次選舉全靠韓國瑜的口語論述。
選後黨主席吳敦義立刻回應，未來黨中央決策要納入地方縣市長的意見，原本票選產生的三十二席中常委，加上十五席由縣市長出任，如果立法院黨團納入，國民黨最高決策單位將出現超過五十人的中常會，未來地方派系晉升黨中央的決策圈，將衝擊國民黨黨內生態的改變。
兩岸關係隨民進黨上台出現僵局，如今這場地方選舉的結果卻可以改變兩岸關係。中共樂見選舉結果，國台辦更在記者會宣布是反台獨一大勝利。
中國因素加劇，台灣對外尷尬
隨著中美兩國貿易衝突升高，讓台灣的角色更顯得重要──美、中都想拉攏台灣。原本中共有意拉攏國民黨執政的「藍八縣」，但績效不彰；如今有十五縣市，中國將在國際上宣傳台灣人民用選票反台獨、接受一中與九二共識，以營造民進黨蔡英文執政失利。
而對台灣內部，中共將大量複製「傅崐萁模式」──跳過台灣中央政府，與地方政府直接對口，無論是農產品的合作或中資引進投資，地方首長透過自己或親信所成立的公司做為窗口。而這個模式也出現一些弊端，例如「理想大地案」。
中共更樂見透過地方政府包圍中央，中國因素將加深兩黨分歧與台灣社會的藍綠鴻溝。九合一大選結果將讓台灣在對外關係上更尷尬，例如在中美貿易戰中的角色、核食公投結果對台日關係，以及台灣參加跨太平洋夥伴全面進步協定（ＣＰＴＰＰ）機會的影響。
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