「知匪不報」是處罰思想犯
尤伯祥指出，審查小組一開始在處理羅財寶案時，發現該案最後是由蔣介石核定，行政權與司法權不分，認為侵犯公平審判原則。但經過徐偉群提醒，才仔細反省「知匪不報」的內涵，即是忽略個人的主體性，不容許不表意的自由，就是在處罰思想犯，因此亦違反自由民主憲政秩序。
「人的基本尊嚴在哪裡？」徐偉群質問，「知匪不報」即是蔣介石將人民當作統治者遂行統治意志的工具，利用人民互相監視，並迫使互相檢舉來解決對於秩序的焦慮。民眾在互相指控、懷疑甚至造謠的狀況下，也成為統治集團的一環，連做為一個普通人的權利都沒有。
透過個案逐步揭露加害者結構
尤伯祥補充，「知匪不報」對戒嚴近四十年的台灣社會造成難以回復的傷害；老一輩的人常言不要議論政治，即是生存在隨時都有可能被檢舉的陰影下，若公開表達自己的政治立場，很有可能就被指認為「匪諜」，長期以來斲傷社會信任。
葉虹靈表示，促轉會在此波平復司法不法的過程中，會將撤銷有罪判決的決定書公開上網，內容包括每案撤銷的理由，最重要的是將附上當年相關的起訴者、審判者、呈核者與核定者，意在透過個案逐步揭露加害者的結構。
中研院社會所研究員吳乃德常言，台灣的轉型正義長期處於「上萬人受害，可是卻沒有加害者」的狀況。葉虹靈認為，一一列出判決文書中曾出現的姓名、層級及所做的決定，並加以分析，才能瞭解加害者的樣貌並非鐵板一塊，不全然只是威權體制的小螺絲釘或黨國體制豢養的走狗。
平復司法不法只是轉型正義工程的一環，促轉會同時也在規畫「台灣轉型正義資料庫」，欲勾勒加害體制運作機制，將以軍事審判的決策流程為主，釐清影響最大的決策落在什麼人、什麼層級，刑度差異是人為還是制度因素，以描繪出威權時期的審判責任鏈。
而就目前公告的兩波名單來看，可以發現白色恐怖時期的歷史脈絡複雜，不同位置的行動者因此採取不同的策略，不是以省籍、族群、性別、年齡、學歷或職業就能簡單分類，更不能輕易簡化成敵我或統獨對立。葉虹靈說：「國家機器之惡與造成的傷害，不分類別。」
不能輕易簡化成敵我或統獨對立
律師出身的尤伯祥也反省，由長期從事司法工作來看，應該藉此面對當時司法實務的面貌，才能改變威權氣息猶存的司法文化。平復司法不法是修復式正義的表現，因此不僅是刊登行政院公報，將撤銷公文寄給受難者，這場儀式更希望帶動社會討論。
徐偉群強調：「當統治者以保障國家安全為由，國家能做什麼又或不能做什麼？正是台灣轉型正義工程中必須面對的問題。」人權價值並不是只適用於當代，若民眾無法容許國家五十年前行使的不義，那也不應該允許相同的狀況在未來發生。
林宅血案、陳文成命案調查中
轉型正義的工程具有高度政治敏感性，促轉會掛牌但尚未完成階段性成果時，就先爆發了「張天欽事件」，「清算」、「鬥爭」的形象已成為民眾的第一印象。事實上，促轉會成立半年來，積極著手於各項調查，林宅血案、陳文成命案等都正進行當中。
政治檔案是追求歷史真相的基礎，但促轉會調閱機密檔案受阻，又因為部分檔案未解密，也無法引用在總結報告當中。例如國安局移轉的政治檔案幾乎全數列為機密，促轉會內部雖可查閱，但無法公開引述。
依照《促轉條例》規定，促轉會雖有權調閱個別機關檔案，但不僅調閱了無法引用，甚至有部分機關拒絕提供或遮掩部分內容，從發文到取得資料歷時4個月之久。或有部分屬軍事管制區的遺址，即使獲得同意入內訪查，仍無法拍攝或測繪，都有待跨部會協調。（李佳穎）
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