改變原住民文化與生活 帶來疾病與死亡
哈克爾指出，塞拉脾氣暴躁，意志堅強，深信自己在履行上帝的意旨。他要求原住民改說西班牙語，干涉他們的婚嫁，規定他們的服飾，要求他們留在教會工作。
然而原住民的免疫系統顯然無法抵抗歐洲人帶來的病原體，他們大量死亡。依據哈克爾的估計，1/3原住民嬰兒活不到1歲，2/5在2歲與4歲之間夭折。
另一位歷史學家卡斯蒂洛（Elias Castillo）更形容塞拉建立的教會，對原住民而言有如「死亡集中營」（death camps）。塞拉將原住民當成奴隸，拜他之賜，約有6萬2000人死於暴力、疾病、營養不良，當時加州原住民的總人口也不過30萬。
當然，也有學者幫塞拉辯解。曾為塞拉作傳的歐法連（Gregory Orfalean）表示，塞拉經常冒著生命危險保護原住民，對抗殘酷的西班牙貴族、官僚與軍人。至於加州原住民人口之所以驟降，真正的兇手應該是隨著19世紀中期淘金熱（gold rush）湧入的白人。
不過，就在方濟各在華府主持封聖彌撒的同時，數千里外，塞拉埋骨的喀美爾濱海鎮，一小群美洲原住民聚集在一座小小的教會墓園，以沉默表達抗議。領導人拉米瑞茲（Louise Miranda Ramirez）受訪時說：「我們的祖先遭到鞭撻，遭到殺害，被活活吊死……教會要他們受洗之後，他們就再也離不開了。」
