現場分局長受檢察官指揮 市府高層無法指示
但就市府初步調查了解，原本反課綱微調學生連日抗議行動均在教育部外，當時北市警察局是以《集會遊行法》執行勤務，直至學生深夜翻過教育部外牆進入教育部，此時，教育部向中正一分局轄區的仁愛派出所報案，因教育部堅持以「非法入侵」提告，檢察官當晚受理並主動打電話給中正一分局長張奇文，檢察官電話指示，立即將學生和入內記者以現行犯逮捕，原本警方僅先限制行動，現場留置，但檢察官強調，「他們是現行犯，不得縱放」，張奇文只得下令警方將學生和記者逮捕。
市府調查發現，當晚凌晨在邱豐光頻頻向市府官員表示會「遵照辦理」、「請張分局長妥處」時，張奇文根本無法依市府官員及邱豐光指示，而是接受受案檢察官指揮，依檢察官指示辦理，因此，事後柯文哲才會說，市府未下令抓人，同時張奇文也不會懲處，因此柯文哲心知，張奇文是承檢察官指揮辦案之令執行相關勤務。
柯團隊誤判情勢 重新調整SOP
不過，柯文哲和市府團隊成員亦事後檢討此事，認為事發當晚最大失誤，就是台北市警察局長邱豐光和中正一分局長張奇文2人均誤判情勢，2人均未意識事情嚴重性，均自信地認為市警局、轄區公權力足以掌控、處理此事，因此未在學生進入教育部及檢察官下令逮捕學生、記者時，第一時間向市長柯文哲及負責督導警政業務的副市長鄧家基報告此一事件，直至隔日清晨木已成舟後，柯文哲和鄧家基才知一整晚發生了戕害新聞自由的嚴重事件，也因此，柯文哲和市府團隊檢討後，重新調整市府內部通報機制SOP。
