（四）建築質量
官方多次重申重視大橋的工程質量，在監管方面會做到位，但過往發生了多宗事故，觸發了香港對大橋是否「豆腐渣」工程的討論，其中香港爆出石屎壓力測試報告造假案，一些技術員表明是為趕工而未跟規定。
而在今年4月，一張人工島防波堤「散亂擺放」的照片，引發輿論關注防波堤是否「被衝散」，官方與專家各執一詞，辯論工程設計是否合理。
香港媒體亦先後揭發大橋香港口岸人工島填海鋼筒移位出現「飄移沉降」、填海區海堤懷疑崩塌、旅檢大樓在大雨下漏水、機房冒煙等事故。當局均需要逐一澄清，指事件不涉及安全問題，在部分工程問題疑慮被傳媒揭發後，港府需要派人親身北上看圖則，令外界對香港能否監督大橋工程存在疑問。
當局稱防波堤是刻意散亂擺放，但香港資深工程師認為這種做法只適用壽命期較短的大橋。
「工程質量是下降了，」工程師黎廣德說，香港近年的大型工程，港府監管比起以前「心態鬆弛」，往往要由傳媒揭發後，才交代事件，比較「被動」。
根據三地政府協議，大橋主體部分設計和施工規範、質量和技術標凖應符合大陸適規定，以「就高不就低」原則，適當吸納港澳的標凖。
工程師黎廣德說，所謂的「就高不就低」只是硬體設計方面的標凖，但程序、管理上並沒有「就高不就低」。他舉例，大橋工程透明度不足，一般以往香港工程項目會公布的資料，這次大橋三地合作的項目，就不一定會提供相應資料。
畢竟，港珠澳大橋管理局雖然講求有三地參與，但領導和牽頭的也是大陸官員。港澳地區政府處於被動狀態，多次要向大陸方面查詢，才得到大橋的相關資訊。
香港媒體和立法會有其獨立性和問責的功用，迫使香港政府方面比大陸和澳門，提供更多有關大橋的資料，可以讓社會有更多資料，去審視和討論大橋的成本、成效、環保、工傷等各項爭議。
「回顧最大的教訓是，是跨境工程時，香港自己適用的標凖，包括管治方式，一旦受到政治體制的污染，就會很脆弱，」黎廣德說。
「如果說擔心效率，而減低民眾參與、減低透明度，這是非常短視。」
（五）環保
港珠澳大橋對環境最大影響是對海洋帶來的污染，其中要脅到瀕臨絶種動物中華白海豚。
環保團體稱，這些海豚因為工程而銷聲匿跡。
雖然港珠澳大橋局理局表示，已經採取緩解措施，例如禁止水底打樁、用海上設備消音、工程船要避開海豚熱點，來保護中華白海豚。但據世界自然基金會（WWF）香港分會的數字顯示，十年前香港水域偵測到的中華白海豚約有148條，但近年只錄得47條。
即使當局2016年才運作保護海豚的海岸公園，但這些海豚已經「一去不返」，甚少出現在大橋工程附近。世界自然基金會香港分會海洋保育副總監李美華對BBC中文表示，填海令海豚失去了棲息地，而工程船或多或少造成海底噪音污染，影響海豚的溝通，這些失蹤海豚目前的處境並不樂觀。
工程師黎廣德說，當局為了保護海洋嘗試使用「不疏挖式填海」的方法為人工島填海，但由於香港從未試過在大型項目用這種方法，技術上未夠成熟，後來傳出淤泥未稱、鋼筒移位、人工島沉降（當局稱沉降速度符合估算）、海堤崩塌填海物料流入海洋的問題，反而令污染擴大。
他說，歸根究底，這是「政治凌駕專業」，政治方面為工程定下「死線」，規劃時間不足，以為可以新的技術突破環境的限制，但失敗過後，卻令大家承受超支、延誤、環境影響惡化的結果。
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