大橋開通後會因應需求，逐步增加跨境車輛配額，但港澳地區擔心市內交通能否負荷增加了的車輛。
固然，一條橋的經濟收益，不能只計算多少車輛過橋，還要計算附帶推動的物流、旅遊業及公司往來的商業利益。港珠澳大橋被視為大灣區一項重要的基建，三地往來時間大大縮短，例如由珠海到香港國際機場便由原本需要約4小時，縮減至45分鐘；而珠海到葵涌貨櫃碼頭則由3.5小時減至75分鐘。
近年，三地鄰近港珠澳大橋之處的房價，亦不斷上揚。
港珠澳大橋總設計師孟凡超接受香港電台訪問時表示，大橋對大灣區經濟增長有重大支撐作用，有信心大橋可以回本，並為區內經濟產生十萬億經濟效益。
當局2008年估算，以20年期計算，大橋在香港方面的經濟內部回報率是8.8%，但在廣東省運輸網絡日漸完善，有深中通道的設施後，港珠澳大橋是否仍然如此有利可圖？
立法會議員陳淑莊不太相信8.8%這個數字，以高鐵香港段為例，2009年經濟內部回報率是6%，但到開通時，這個數字已被調低至2%。
「見了鬼還不怕黑？你還會相信這個數字嗎？」她問。
（三）工傷事故
港珠澳大橋建造期間發生多宗工業意外，至今造成至少18人死亡，其中9人死於香港段或口岸相關工程，傷亡人數數以百計。香港媒體形容這條橋是「奈何橋」。
香港工業傷亡權益會協助10名工人（9人在香港相關工程出事）家屬爭取賠償，權益會總幹事陳錦康對BBC中文表示，大部分工人已獲得勞工保險下的法定補償，但部分工人正從民事訴訟，控告僱主疏忽。
陳錦康說，如果僱主無為工人提供訓練、沒有提供安全措施，都有機會構成疏忽，事故發生後，一些家屬要花3年才取得死亡證，等待調查後可能要再花幾年時間才得到民事索償，對家屬構成沉重負擔。
港珠澳大橋是否比其他大型工程發生更多事故呢？陳錦康認為暫時無法得出這個結論，但他認為如果說港珠澳大橋工程龐大、有新的施工方法或趕工來為工傷辯護，這個說法並不合理，就是因為如此工程，才更加要小心，並為工人提供更妥當和全面的培訓。
澳門人最不清楚情況？
葉靖斯BBC中文記者
當香港和北京的駐外記者都陸續收到港珠澳大橋開幕式的採訪通知之際，香港特區政府表示要聯絡有關部門索取進一步信息，澳門特區政府也稱「一切有待正式公布」——值得注意的是，澳門民意代表對BBC中文記者指出，所謂的「港珠澳大橋澳門段」，就只有從邊檢站連接主橋樑的200米接線。
然而，澳門當局沒能透露的信息不止於此。今年以來，澳門立法會佔絶大多數的建制派議員多次要求政府說明大橋開通之後，澳門落腳點的交通疏導安排。代表澳門街坊會聯合總會（街總）的議員何潤生星期四（10月18日）提出的書面質詢，要求當局說明應急交通處理方案等措施。
除了獲得配額的300輛香港汽車與600輛澳門汽車可直接進出澳門外，兩地民眾可依賴共50對直通跨境巴士進出，餘下的就是在辦妥保險等手續後，開車到澳方港珠澳大橋邊境站停車場停車後，與搭乘大橋穿梭巴士的乘客一樣通關入境，再搭乘公共巴士、俗稱「發財巴」的賭場穿梭巴士，或出租車進入澳門市區。
所有車輛都只能經由目前空空如也的新城A區人工島連接路，到澳門半島西側的東方明珠（友誼圓形地）進城，而這段迴旋處一邊是擠滿居住樓的黑沙環區，另一邊就是通往外港客運碼頭和友誼大橋（第二澳氹大橋）的道路。東方明珠本來已被議員們形容為堵車黑點，遇上每年11月澳門大賽車期間友誼大馬路封閉為賽道，交通壓力更見明顯。
民主派新澳門學社議員蘇嘉豪對BBC中文記者說：「原先政府答應從大橋通往澳門半島會有四、五個節點，現在就只有一個友誼橋大馬路的節點，其他完全沒動工……有些人說我們大橋已經凖備就緒，我說我們是凖備就緒，繼續堵車。」
「公眾能看到的（訊息）我們當然知道，但公眾看不到而我們（立法議員）能知道的其實不多。」
澳門比香港更是彈丸之地，一些居民擔憂大橋開通後堵車問題可能惡化。
同樣諱莫如深的還有澳方工程的工傷數字。蘇嘉豪今年上半年曾去函澳門與珠海當局查詢，結果珠海主導的港珠澳大橋管理局建議他向澳門建設發展辦公室索要數據，澳門建設辦提出相反建議之餘，只稱澳方工程沒有錄得死亡事故。
超支的數字總算有音訊：獨立民主派議員吳國昌年初給建設辦的書面質詢得到回應，稱澳方承擔了12.59%超支金額，即5.9億元人民幣，而前提是無論超支能否歸責於澳門，澳門都必須按照合同承擔費用。這被澳門論盡媒體形容為「硬食」（強吞）。
港珠澳大橋對澳門帶來的另一項新事物，是澳珠關卡間實行「合作查驗，一次放行」的「兩地一檢」模式，前往珠海只需出示入境中國大陸證件，前往澳門只需出示入境澳門證件。這種操作的前提是，以澳門居民身份證為基礎的澳門居民個人信息數據庫，與珠海方面以港澳居民來往內地通行證作基礎的數據庫互通。不過，這樣的安排並沒有引起很大討論。
澳門民主派與法律界數年前初聞此方案，都曾提出過對個人隱私與兩地執法問題的擔憂。但正如香港特區政府官員在廣深港高鐵香港西九龍站實行「一地兩檢」引發爭議時的解釋一樣，澳門保安司司長黃少澤已表態說，中國大陸執法人員不能在澳門執法，「澳門警察也不可以過去（大陸）執法」。
蘇嘉豪說：「普通市民其實還是很容易就受落了政府的輿論宣導：便利、便利、便利。」
