不過，黃民奇捐助60億元股票成立公益信託的動作，還是引發外界質疑。立委王榮璋5月在立法院質疑黃，另外以股票捐贈成立公益信託，是將公益信託變相當成節稅的控股機構使用，財政部還為此到葉慈基金查稅。
遭質疑圖利財團 交大澄清未來校友席次將低於3分之1
交大校友在交大的博愛校區蓋醫院，去年正式對外曝光後，一度引發鄰近的新竹市綠水里長黃文政為首的居民反彈，反對交大成立智慧醫院的居民甚至在臉書上成立群組，質疑交大將校地提供給校友興建財團法人醫院，有圖利財團之嫌。
交大主秘裘性天強調，交大校友捐贈成立醫療財團法人，未來在董事會的組成，仍將由交大主導，交大同時將邀請台北榮總與陽明大學進入董事會；之所以成立醫療財團法人，主要係因為交大沒有醫學系所，無法向教育部申請附設醫院。參與捐助的交大校友也透露，未來漢民科技等交大校友，在醫療財團法人董事席次，將會低於3分之1。
雖然交大智慧醫院過了教育部與新竹市政府的審查，但衛福部對於交大在新竹成立區域型醫院，態度卻仍不明朗。
「交大申請案還沒送進來審查」衛福部不表態
據了解，由於台灣醫療體系逐漸走向M型化發展，資源較多的教學醫院與醫療財團法人，競相投入醫療設備的資源競賽，人口43萬的新竹市，目前境內已經有台大新竹分院、馬偕醫院與國泰新竹分院。為了避免醫療資源過度擴充，衛福部今年已修訂《醫院設立或擴充許可辦法》，每個次醫療區域的急性一般病床數量，每萬人不得超過50床。
衛福部醫事司副司長廖坤富表示，交大智慧醫院雖然完成新竹市衛生局的初審，但如果要設置100床以上之區域型醫院，相關的醫療資源配置必須要完備；目前為止，交大智慧醫院的申請案，還沒有送進衛福部審查小組審查，在相關程序還沒有完成以前，衛福部還不便評論。
不過，交大方面認為，交大跨足智慧醫院，較其他大學仍有相對優勢。尤其在台大校長遴選「拔管」事件後，傳出鴻海對於台大癌醫中心捐贈案，已經有放慢跡象，交大校友方面更認為，現在正是交大跨入智慧醫院的最好時機。
交大自認有優勢，稱沒與陽明合併也一定做智慧醫院
交大主秘裘性天說，大新竹地區醫療資源嚴重不足，急重症病患常一位難求，甚至要北上轉診就醫，交大希望成立全台第一所結合急重症與智慧科技的智慧醫院，「我們優勢在於資通訊領域，現在很多醫療行為，必須靠大數據、影像處理等技術，這些都是交大的強項。」
裘性天強調，目前國內絕大多數大學附設醫院，跟財團法人醫院，都是透過醫療設備的軍備競賽，競逐衛福部的健保大餅，很多醫院到目前為止，在運作上還不是很有效率，醫護人員的投入也比較勞力密集，比較沒有額外心力做到病人的照護；交大希望透過資通訊技術的引進，讓傳統醫療運作方式可以有所改變。
裘表示，目前包括衛福部在內，已經慢慢理解到，傳統的醫療架構體系，讓醫院的營運發展有其極限，多數醫療機構都希望吃健保大餅，這樣的發展模式未來性不夠，若要開創新的醫療突破，就必須要有突破性作法，這是交大當初邀請陽明、榮總參與交大智慧醫院，所提出的主張，陽明與榮總也都很認同。
不過，裘性天強調，交大智慧醫院已經規劃多年，不管未來能否與陽明合併，交大智慧醫院一定會做，交大智慧醫院不是與陽明合校的「聘禮」。
一位參與智慧醫院籌備的主管坦言，交大要搞一個智慧型急重症醫院，必須要花很長的時間蹲馬步，「一般區域型醫院要收急重症病患，至少要培養5-8年實力，單單急診室要有多少科別，就要聘雇一定人數的醫護人員；同樣是沒有醫學系的台中亞洲大學，在籌設醫院過程，也是先申請地區型醫院，逐步培養實力。」
