爭議長達六年的台南鐵路地下化徵收案，在19日內政部通過土地徵收後，程序宣告終了。爭議的兩方，一是行政院長賴清德，二是面對徵收的鐵路沿線居民，官與民鬥，一開始就是一場不公平的戰役。期間賴清德從台南市長變行政院長，手握行政權一路佔上風，居民則在政府龐大的機器底下，屢戰屢敗但堅持不懈，即使到了最終回明知必敗，還是一早4點搭車北上，堅持走到最後。
反倒是內政部到最後一關還說不清楚徵收的必要性何在、更拒絕舉辦行政聽證，讓南鐵計畫公開被檢驗。最後排除居民閉門審查、晚間再默默發出新聞稿宣布通過。這場戰役官方可說勝得灰頭土臉，居民卻輸得光明磊落。
「台南鐵路地下化」是將火車站周邊鐵軌轉成地下的一個計畫，全長8.23公里，此案爭議焦點在於路線的選擇，路線不同關係徵收戶數的多寡。交通部在1996年曾提出一個版本，將地下鐵軌做在現有地面鐵軌下方，就是所謂「原軌版」，但2009年修正路線，將地下軌移到現有鐵軌東側，稱為「東移版」。
拒絕舉辦行聽證會，官方就輸了理
這兩個版本都經過官方驗證，都可以完成鐵路地下化，對交通部和台南市政府來說，不論選那一個路線都可以達成目的。理論上政府進行公共建設，基於保障人民私有財產，應該選擇徵收面積最小的方案，也就是原軌版。但交通部及台南市政府卻堅持採用東移版，這導致徵收面積從0.387公頃，擴大到3.03公頃，本來不用拆的房子變成要拆，才會引發長達六年的爭議。
在這過程中雙方幾度辯論，也都認為自己的版本最好，到底誰說的有理，需要公正第三者來評論，這就是當年行政程序法中有「行政聽證」的起源，這兩年來居民也一再要求舉辦行政聽證，但官方一下說法未明定要辦、一下說時間來不及，總之就是拒絕舉辦。然後交通部、內政部、台南市政府卻一再拒絕，並高舉手中的行政權直接判自己贏，在居民抗議聲中程序持續往前推進。
土地徵收審議小組是如何評斷徵收公益性、必要性？
終於來到最後一關內政部土地徵收審議小組，這個小組最重要的任務，是依土地徵收條例規定，評估這個徵收是否具備公益性、必要性，但當天交通部的簡報中完全沒提到這個，引發政大地政系教徐世榮當場怒斥：「土地徵收最關鍵是對基本人權的侵害，這個委員會應該是審基本人權的委員會，但剛剛報告談的是工程、補償、安置、最後跟你說行院已經核定。一個字都沒談到基本人權，不能在口頭報告時說書面意見都有你自己去看，真是丟臉！」
會中還發生一段插曲，自救會長陳致曉提出，2017年10月20日「兩公約第二次國家報告國際審查會議」要求我國說明，當天到場的內政部次長林慈玲說，土地徵收審議委員不知道如何審理「公益性、必要性」，所以要舉辦行政聽證。林慈玲正是19日土地徵審小組的主席，她本來要回應，但陳致曉說這段話有錄音，她就不再說什麼，也未交待小組是如何審查徵收的公益性、必要性。
而就在居民陳述完意見、交通部簡短回覆之後，林慈玲要求清場但被居民拒絕，她帶委員到另一間會議室吃便當，稍晚就發出新聞稿宣布通過。323戶每一戶的情況都不同，委員基於什麼考量，僅僅只審查一次就通過？
協議不成高達七成，並未實質協議價購
其實委員如果有仔細看交通部提供的資料，光是「協議價購」這項就足以駁回。依土地徵收條例規定，取得土地應與地主協議價購，當地主拒絕協議或協議不成，才能申請徵收，這一條的精神是，需用土地人應該窮其一切努力溝通到對方同意為止，任何其他方法都用了還是非徵收不可才能徵收。
交通部的資料顯示，東區加北區的私有土地共334筆，這次申請徵收是237筆，高達七成要用徵收取得土地，也就是說有七成筆數沒有協議成功。多位居民在會中陳述，原因出在交通部並未跟居民做「實質」協議價購。
陳致曉：我家連來查估都沒來就要協議價購，基本上並沒有協議。我要求提供協議價購公式跟說明，不給，我連怎麼算出來的都不知道，要如何協議？
居民藍律師：協議價購不是形式開會，居民問估價標準什麼，交通部到現在也沒回應，還說107年4月會把完整估價報告上網，到現在一個字都沒有，也沒出具誰做的鑑價報告，然後說這就是我們要跟你做的協議價購金額。
我們發文，交通部回文說：「台端如有意見請於107年7月10日向本局提出，如未於期限內提出，視為拒絕協議或協議不成。」請問什麼時候有任何法律規定，交通部說你要快回覆，否則你們就是拒絕協議價購？
居民說的這些委員都沒在聽嗎？如果是聽了還不處理，那就有行政瑕疵，留下日後行政訴訟的空間。之前包括苗栗大埔等多個土地徵案，都曾因未實質協議價購，未審查公益性、必要性、比例原則，判決官方敗訴。
行政程序問題多，日後將爭訟難了
其他的程序爭議還包括：土地徵收審查還沒完成，去年交通部長賀陳旦(已卸任)、時任台南市長賴清德、得標的大陸工程董事長殷琪，就先舉行動工典禮。
還有，公聽會還在開，居民的土地都已經被分割，住家變成綠園道路(交通)用地，也進行地籍重測、查估民宅，且強調不必經過地主同意就可逕為分割。
南鐵案雖然在官方主導下完成程序，但這件事不會到此為止，如今台面上的官員不會永遠在位，局勢隨時會改變。當年國民黨主導的苗栗大埔案，因為徵收程序有問題，民進黨上台後決定把六坪房子蓋回來，國賠800萬元。
而六年來南鐵案的徵收必要性尚有疑慮，且徵收程序也留下許多爭議，勢必引發爭訟。如果日後南鐵居民勝訴，這300戶要怎麼蓋回來、國賠又該賠多少？（＊作者為獨立記者）
內政部澄清：
依國際審查會會議紀錄及錄音檔還原，絕無陳致曉先生所說「土地徵收審議委員不知道如何審理『公益性、必要性』」等發言。在今年9月19日內政部土地徵收審議小組會議審議臺南鐵路地下化徵收案時，次長林慈玲亦已當場回應並不可能有此發言。
內政部說明，為慎重回應處理兩公約第二次國家報告國際審查會議結論性意見與建議，於去(106)年10月20日邀請總統府人權諮詢委員會委員及民間團體召開「兩公約第二次國家報告國際審查會議結論性意見與建議第38、39、40點次審查會議」，會中係先由內政部說明，再請各審查委員及NGO團體代表（包含惜根臺灣協會代表陳致曉先生等）提出意見，最後由主席林慈玲回應及作成結論。林慈玲回應錄音逐字稿如下：
「有NGO團體提到公益性及必要性的審查空泛，那事實上，我們在公益性及必要性的怎麼樣去審查，其實也開過幾次會議，作了有些相關規定，但是又有人覺得，我們的規定還是不夠，所以，我們也有請專家學者，針對公益性及必要性的審查如何讓它更具體，也在幫我們進行研究，也就是跟大家報告說，公益性跟必要性的審查，坦白說不待我們修法，在實務執行面，實質審查機制如何作的更好，我們都在進行當中，那這個部分我們也會再持續更虛心的討論。」
另外針對報導所提南鐵徵收案協議不成比例高達7成，未實質協議價購等。內政部表示南鐵地下化東區及北區工程徵收案，交通部鐵道局於申請徵收前均已依規定辦理土地建物查估及舉辦協議價會議，並與臺南市政府逐戶拜訪，經協議價購取得私有土地面積比例分別達66%及68%，一併澄清說明（註：原作中七成比例係指筆數，而非面積）。
