複決案1案：以核養綠
前總統馬英九力推的擁核「以核養綠」公投，為了趕上綁年底9合1大選合併舉行投票，中選會於並於於9月6日下午點收完畢，黃士修也已收到中選會的收據，為31萬4135份連署書。
黃士修「以核養綠」公投：
主文：你是否同意，廢除電業法第95條第1項，即「廢除核能發電設備應於中華民國一百十四年以前，全部停止運轉」之條文？
「以核養綠」公投小組呼籲全國的缺電公民們站出來吧！然而戰爭尚未結束，即便我們提交的連署書數目超過法定門檻的10%。我們不會讓陳主委有任何藉口，搓掉這場攸關台灣人民生存發展的自救公投。
爭議事項：
一、「以核養綠」公投，盼讓核能與再生能源並用！
針對前總統馬英九主張2025年能源規劃比，綠能占比10%、核能占比20%、氣電30%、煤電40%的能源配比。「全國廢核行動平台」等團體於9月6日召開記者會回應，公投主文並無一字支持綠能，環保團體認為，這是退步的能源規劃？但「以核養綠」公投認為，對於連署有望成案一事，盼讓核能與再生能源並用，這才是國家接下來要發展的方向，才能使空氣換清新、生活環境更友善。
二、能否重啟核四公投決議存異？
「廢2025非核家園條款公投」及「重啟核四公投」，後者預計明年春天發動，但若「廢2025非核家園條款公投」通過，原法律或自治條例於公告之日算至第3日起，失其效力。對於蔡政府未經核四公投，目前強迫送出第二批核燃料棒決策，能否重啟核四成為關鍵；倘若「以核養綠」公投未通過，「重啟核四公投」卻通過公投門檻，不廢除2025非核家園條款的公投結果，或許會變成民進黨在立院修法時否定重啟核四公投決議的擋箭牌。
中選會審查連署書態度有別 公民團體質疑行政不公
國民黨8月27日前往中選會，並遞出「反空污、反深澳燃煤電廠、反核食」三項公投連署書，總計有145萬6966份，癱瘓中選會進度；經中選會清查後，發現連署書高度異常，不僅出現筆跡相同、大量抄寫情況。對於中選會的態度遭質疑行政不中立，黨內高層下令，「不容許有任何行政不公影響年底公投綁大選」，並要求立院黨團緊盯中選會盡速審查。
愛家3公投已在8月28日遞交198萬2100份連署書，3公投主張民法「婚姻」應限定一男一女，「同性婚姻」應另立專法；另外，國民教育階段進行同志教育，恐有害學生性別認同，但遭中選會審查嚴謹，並以人手不足刻意阻擋延緩送件。但中選會對後續9月3日，2020東京奧運台灣正名行動小組等團體向中選會提交52萬6688份的公投連署書，爭取將參賽名稱「中華台北」正名為台灣；以及在9月4日婚姻平權2項公投遞交，合計90萬份的連署書，主張同婚若立專法可能遭到歧視，且有法律解釋適用困難；另外國民教育未納入同志教育，可能使性平教育殘缺不全，影響下一代受教權。但中選會審查連署書態度寬鬆對待，即遭質疑立場有別，審查不公！
