隔年（1992年）7月6日，日本政府發表「慰安婦」調查結果，但仍舊不承認「慰安婦」是遭強迫的。1993年當時的內閣官房長官河野洋平（Yohei Kono，1937～）首次表示反省和道歉，這就是著名的「河野談話」。
1994年，日本社會黨、自由民主黨、先驅新黨成立執政聯盟。隔年（1995年）出身於社會黨的首相村山富市（Murayama Tomiichi，1924～）除了首次以首相（總理大臣）身份向二戰亞洲受害國口頭道歉外，也公開承認「慰安婦」問題，但日本仍拒絕由政府給予「慰安婦」賠償。同年8月19日由日本政府推動的補償基金會──「亞洲婦女基金會」正式成立，基金會的資金來源是由政府提供4億9,000萬日圓，同時向民間募捐所成立的。1996年，基金會決定補償前「慰安婦」每人約2萬美元並附帶日本首相的道歉信，或以援助醫療、福利的方式等，預計補償總額約686萬美元，但這個賠償方案，引起不少的抗議。截至2002年2月為止，共有266人申領補償。「亞洲婦女基金會」已於2003年5月起終止受理申請。
臺灣島內最早的「慰安所」，是在1936年（昭和十一年）5月，由高雄市役所在高雄所設的日本海軍慰安所。隔兩年（1938年／昭和十三年）屏東市政府則是由高雄州國防議會出資了2.4萬日圓在市內武德殿旁興建了一棟美輪美奐的「慰安所」（註十一）。之後在全台各地的市役所都陸續建了「慰安所」。而日軍在台徵召「慰安婦」最早的紀錄是在1939年，有3名女性被送到海南島擔任慰安婦，之後至少有數千人被騙或是「自願」成為「慰安婦」，當然絕大多數是被騙或是被強迫而不得不成為日軍的性奴隸。只是最令人難過的是──不同於中國大陸、韓國、菲律賓、荷蘭等國對於「慰安婦」問題的一致性，臺灣內部的特殊政治生態，讓「慰安婦」問題成了「皇民（親日）」與「非皇民（抗日）」，甚至是「本省」與「外省」不同省籍之間的情感對立問題，最後演變成國家認同難題，讓真相被模糊，至今難解。
不過在右翼的安倍政府（2012年12月26日，安倍晉三第二次擔任首相）主導下，日本政府先在2014年6月20日，以一份「調查報告」來指稱，當年河野是受到韓國政府影響，才不得不對「慰安婦」發表道歉談話，試圖淡化「河野談話」所展現的善意與反省。隔年（2015年），再壓迫國內的教科書商，決定從2016年起，大幅修改初中（國中）教科書內容，除了正式將──「獨島」與「釣魚台」納為日本領土外，也全面推動「去侵略化」史觀。不過在國際輿論的壓力下，日本在2016年3月下旬又透過《共同社（共同通信社，kyodo news service，kyodo tsushinsha）》對外宣布，將於2017年春將──南京大屠殺、慰安婦等內容放入高中教科書當中，只是內容將會適度修正，比如爭議性很大的「南京大屠殺」，在教科書的正文中將不會提及被殺人數，而是修改為「殺害了大量的中國人」等等。
