國發基金與國內多家創投公司，簽訂「委託經營契約」，國家級投資公司台杉投資，是少數依據「募資總額」計算投資管理費，不僅如此，馬政府時代「加強投資策略性製造業方案」等產業轉型基金，都有訂定「作業要點」與「投資案審理流程及管理原則」，除了有「投資審議會」與會前溝通會議二段審查機制外，工業局與國發會代表也參與每項投資案之投資審查，為了避免政府資金遭到濫用，還訂定「共同投資」機制，確保民間創投也參與投資。相較之下，台杉缺乏「共同投資」機制保護，如何避免普通合夥人「揮霍」基金資產，恐將是一大考驗。
台杉投資是2015年《有限合夥法》通過後，政府最大規模的創投基金委外經營案，相較於馬政府與扁政府時代的國發基金委外投資案，台杉最大的優勢，在於基金的運作上有高度的「彈性」。
以扁政府時代的「加強投資中小企業實施方案」為例，當時國發基金匡列100億元，由經濟部中小企業處委託民間創投投資中小企業，經濟部當時為建立監督機制，還訂定了《經濟部中小企業處辦理加強投資中小企業實施方案作業要點》；為協助鞏固中南美邦交，該作業要點還特別將國內中小企業「投資中南美友邦」之投資納入投資範圍。
「國發基金創投過去防弊徹底，台杉卻缺乏要求」
杜紫軍以馬政府加強投資策略性製造業，與加強投資策略性服務業2項方案為例，國發基金各匡列100億元，根據經濟部訂定的作業要點，受委託的民間創投，所有的投資案必須先送「投資審議會」會前溝通會，再送「投資審議會」審查。投資審議會分成兩塊，一塊是「產業投資委員會」，由主管產業的經濟部次長與產業科技專業相關部會次長級官員出席；另一塊則是「投資委員會」，由國發會副主委擔任主席，為確保審查的公正性，投票採全程密封投票方式進行。
國發基金過去的委外投資案，不僅在「防弊」機制上做到徹底，為了避免民間創投公司「揮霍」政府資金，也設計了共同投資模式，文化部的文化創意基金，至今仍然採取「民間創投投資1元，政府加碼3元」的模式。
杜紫軍表示，過去的產業轉型基金，不管是由經濟部中小企業處或工業局執行計畫，都有共同投資機制，以「加強投資中小企業實施方案」為例，中小企業處委託的7家民間創投，如果要動用國發基金1元，自己就要相對應拿出1/2元或1/3元；台杉投資的股東結構，絕大部分是官股與半官股，投資風險均由相關機構吸收，但對於投資管理機構卻缺乏「共同投資」的要求，未來有可能會發生「虧損，虧國家的」情況。
國發會：台杉在法律、程序、國際慣例上都沒有問題
對於外界質疑台杉的投資審查機制與收費標準，國發會官員強調，台杉公司為結合政府與民間資源，資金來源包含政府與民間金融機構等不同投資人，公司管理費係依投資標的階段別、產業別及地區別參酌國際市場行情決定，收費標準符合目前一般創業投資事業商業慣例。
國發基金官員強調，創投基金管理費依據國際慣例，大約為基金規模的2-3%左右，台杉基金收取2.5%管理費尚屬合理。至於台杉基金是政府委託民間創投案中，少數以「募資總額」計算管理費者，官員強調，「國外都是用承諾投資金額計算管理費，台灣創投基金先前因為係按照《公司法》設立，必須按實收資本額收費，台杉則是參考美國創投規定，改採募資總額收費。」
官員強調，「台杉在法律上沒有問題，作業程序上也沒有問題，在國際慣例上也沒有問題；至於投資風險方面，則是見仁見智，完全要看未來怎麼做投資才能判斷，現在談論都還太早。」
國發會的新聞稿也強調，台杉是國家級的投資公司，投資策略主要係配合政府產業發展政策，投資於5+2產業創新及新創事業，所有台杉投資案，均提請董事會討論通過，並依金管會規定留存相關資料，且開會過程均全程錄音或錄影存證，至少保存5年，投資績效追蹤或後續課責均有依據，並無黑箱作業情形。
「台杉目的是產業生態鏈串接，或可要求較高管理費」
中華民國創投公會主管表示，創投基金的投資管理費，基本上係由投資人與被投資人雙方共同約定，必須要看委託管理合約，普通合夥人或管理顧問公司必須承擔哪些責任，如果委託投資項目包山包海，當然可以 charge 比較高的管理費，雖然說目前市場行情是2-2.5%，但因為目前創投業不景氣，管理費多半是2%；不過，90年代創投業一片榮景時，2.5%的管理費可以說「比比皆是」。
創投公會主管表示，每一檔創投基金，隨著基金定位、承擔風險不同，收取費用都不相同，台杉的性質比較類似股權投資基金，主要目的是產業生態鏈的串接，投資對象部分是上市櫃前的創導期後期產業，和企業草創階段的育成期「天使投資」有很大的差異；天使投資不像創導期後期產業投資，無法做很縝密評估，必須靠投資經理人對產業的感覺與瞭解，與一般創投或股權投資基金都不同，因此在投資管理費的收費上，很難放在同一個基礎上衡量。
「台杉在國家產業的生態鏈上有扮演角色，配合政策任務，或許可以要求較高的管理費。」
