另外，台杉2檔創投基金，以百億元「募資總額」的2.5%計算投資管理費，若以一家剛成軍不久的創投標準來看，這樣的管理費也有偏高之嫌。
「台杉創投剛成軍不久，投資管理費卻偏高」
杜紫軍表示，國發基金委託民間創投投資的投資管理費，依據其投資屬性，收取2-3%的管理費，台杉的2.5%管理費雖在業界標準，「但100億元基金，每年收取募資總額2.5%，其實是很不得了的數字」，國發基金過去針對類似大型民間創投委外投資案，多半會在「委託經營契約」上訂定特別條款，要求以創投基金的實際投資金額計算管理費，尚未投資的閒置資金，基本上不應收取2.5%的管理費。
國民黨立委曾銘宗則說得更直白，「哪有人這樣投資的？沒有貢獻，收什麼管理費？」曾表示，「政府要提高國家級投資公司經理人待遇，希望專業投資經理人待遇符合市場機制，這我們贊成，但是要公開透明，基金管理費也要合理，台杉以出資總額的2.5%計算管理費，已經明顯偏離行情。」
曾任金管會主委的曾銘宗，以金融機構募集私募股權基金為例，強調國家級投資公司的投資管理費應該分二級收費，對於尚未投資的閒置創投基金，即便要收取所謂的「承諾費」等相關費用，比率也要非常低，否則台杉2檔基金存續期間長達10年，10年下來收取的管理費，就超過20億元。
曾銘宗質疑台杉「裡面都是政治色彩非常明顯的人」
對於台杉的投資經理人，曾銘宗也高度質疑，「泛公股銀行之所以參與台杉基金，都是看行政院的面子，台杉的管理費這麼高，裡面聘僱的人都是專業人士嗎？從目前台杉檯面上的經理人，包括台杉投資董事楊育民、台杉水牛二號基金的普通合夥人「台杉生技股份有限公司」董事長張鴻仁，都有很高的同質性，台杉裡面還有邱義仁之子邱南璋，曾批評，「台杉明明是泛公股，卻設計成民營創投，裡面都是政治色彩非常明顯的人。」
曾銘宗同時質疑台杉2檔有限合夥基金的分潤機制，根據《有限合夥法》第28條，「有限合夥分配盈餘，應依有限合夥契約之約定；未約定者，則依各合夥人出資額比例分配」，但根據台杉水牛二號基金出資人與普通合夥人「台杉生技股份有限公司」所簽訂之有限合夥契約，台杉在基金投資獲利時，可以收取「表現費」（俗稱 Carried Interest 條款），收取基金投資獲利之20%。
然而，曾銘宗質疑台杉生技股份有限公司資本額只有50萬元，投資59億元水牛二號基金，日後若有獲利竟可分到基金盈餘的2成。投資水牛二號基金的公股銀行，在投資決策上完全授權台杉生技股份有限公司，對於普通合夥人的投資決策，「缺乏相對應監督機制，投資條件不符合公平合理原則，根本是呆子！」
