加州大學聖地亞哥分校的Onyi Lam與芝加哥大學的Eddie Lin合作的一項研究稱，大陸歷史教科書使用更強烈的形容詞，形容詞的比例、親共產黨、親國民黨的詞匯頻率、積極的形容詞對消極的形容詞的比例，相對於台灣歷史教科書都更高。
研究還稱，「由於台灣教科書市場開放，客觀性在逐漸增強，而大陸的主觀性在增強，逐漸增強學生『熱愛社會主義』以及增加愛國熱情」。
兩邊的書中均承認，13世紀後期，元朝設立的澎湖巡檢司是歷史上台灣首次設立正式行政機構。但在之後鄭成功與台灣的關係上，兩者出現了明顯的分歧。在大陸，鄭成功是從荷蘭殖民者手中「收復台灣」的「民族英雄」。在台灣，鄭成功則與其他漢人一樣，是「外來者」。鄭成功治理台灣期間被稱為「鄭氏時期」。翰林版歷史書表述稱，鄭成功為反清複明決定「進攻」台灣，後戰勝荷蘭人並攻取台灣，建立了「台灣史上第一個漢人政權」。在被清廷擊敗前，鄭氏政權共在台灣「經營」了21年。
「流寇」還是「英雄」？
兩岸對農民起事的表述色彩迥異。圖為義和團的公開處決現場。
作為明清戰爭以來規模最大的戰爭，太平天國運動曾經攻克過中國600餘座城市，對中國歷史影響深遠。關於這場相對典型的古代農民起事，台灣將其定性為一場「動亂」，但大陸教科書對其極其推崇，不僅將其定性為「起義」，推至「反侵略、求民主」的高度，還稱太平天國的《天朝田畝制度》為「幾千年來我國農民反封建鬥爭的思想結晶」。
跟太平天國運動一樣，對歷史上多起類似事件，兩岸教科書出現了截然不同的定性。在台灣，推翻明朝統治的李自成被描述為「流寇」，在大陸，李自成則是「得到了廣大農民熱烈擁護」的農民領袖。
「大陸教科書對歷史上農民起義的評價高，起源於馬克思主義唯物史觀的階級分析法，階級鬥爭推動歷史發展，但台灣沒有受馬克思主義唯物史觀影響。其實大陸現在在很多具體問題上，也不是那麼讚揚，大陸以前也用『暴動』一詞形容過共產黨領導的武裝鬥爭，這個詞不見得是否定，」中山大學歷史系教授趙立彬告訴BBC中文。
而林杉認為，這些事件本就屬動亂，「起義」一詞體現的立場更強。「造反這種就是成者為王敗者為寇」，「事實上就是動亂，成功了就叫它革命。」
分歧最大的國共內戰
1927年，中國境內爆發國共內戰。第一次國共內戰於1937年結束，此後1945至1950年間，第二次國共內戰爆發。中國現代史發生重大轉折，兩岸就此形成政治分立與軍事對峙。
1936年12月12日，張學良和楊虎城在西安將蔣介石軟禁，要求其「停止內戰，一致抗日」，最終，蔣介石被迫接受「停止剿共，一同抗日」的主張後獲釋。
