以2011年教育部「邁向頂尖大學計畫」開始為基線來看從2011年到2023年「高教深耕計畫」為止的12年之間QS世界大學排名的變化，可以發現台大的排名從87名進步到77名，其中李嗣涔校長任內從87名進步到82名 (進步5名)、楊泮池校長及其兩位代理校長任內從82名進步到69名 (進步13名)、管中閔校長任內從69名退步到77名 (退步8名)。李嗣涔校長要帶領台大邁向世界前五十大的承諾至今未能實現，管中閔校長也未能兌現保持台大在亞洲高教市場的優勢地位和國際競爭力，更讓台大被邊緣化的可能性增加不少。反而是楊泮池校長不僅信守諾言而且以進步13名的成果來回應他以「國際排名作為參考、藉此讓台大了解外界對學校的觀感與優勢所在」的承諾。
決定QS世界大學排名的六大指標是：(一) 學術聲譽：佔總分的40%，學術聲譽著眼於世界大學的教學和研究質量。QS整理了來自高等教育領域的 130,000 多條專家意見，創建了世界上最大的學術意見調查。(二) 雇主聲譽：學生希望畢業時具備就業市場所需的技能和知識。QS評估大學如何讓學生為成功的職業生涯做好準備，以及哪些機構提供最有能力、最創新和最有效的畢業生。(三) 教師/學生比例：QS用該指標評估機構如何為教授減輕教學負擔和為學生提供有意義的老師和導師。(四)每位教員的論文引用次數：QS用每位教員的引用次數來衡量大學的研究質量，計算的是大學在五年內發表的論文中的學術引用總數。(五和六)國際學生比例和國際教師比例：一所高度國際化的大學會帶來很多好處。它展示了吸引來自世界各地的優質學生和員工的能力，並且意味著高度的全球視野，強大的國際機構可以提供多國環境建立國際認同和全球意識。
QS排名所採用的這六個指標其實也是教育部大學評鑑和核駁大學新設學校、學院、學系研究，核定撥給大學年度教育經費常用的指標。顯然當初在核定「邁向頂尖大學計畫」和「高教深耕計畫」時沒有妥適規範計畫排名要求，造成台灣各大學在過去12年雖然有額外的高教經費補助膽識仍然無法晉升到世界一流大學的境界。在新一期的「高教深耕計畫」中如果沒有把這些指標列入核駁的標準之，可以預見在高教深耕計畫結束後台灣各大學的 QS排名很可能繼續退後。
教育部可以考慮建立一套以大學排名為架構的高教深耕計畫核准和考核標準，來引導各大學走向有排名支撐的國際一流大學，避免台灣高教在國際評比中持續走下坡。從QS排名的國際比較我們可以發現一所大學要成為界一流大學QS排名最好在前50名，而要成為亞洲一流大學QS排名最好在前200名。教育部可以考慮以申請高教深耕各大學在2023年的QS排名為基線，設定個別大學以進入QS前30名、前50名、前100名、前200名為申請高教深耕計畫的計劃目標，並且以其達成目標排名的困難度和可能性核給受補助的大學足夠的高教深耕經費，教育部同時要盤點高教法規且鬆綁不符合時宜的教育規範做為配套措施，營造一個對國際競爭友善的高教環境讓受高教深耕補助大學可以的盡全力去追求卓越。
