(2)移轉產權仍須透過建商
移轉、贈與、繼承手續麻煩。不能取得房屋所有權的使用權住宅，買房無法取得地政機關核發權狀，這類的房屋雖然宣稱可以交易，但因為建物所有權登記在建商名下，任何移轉、贈與和繼承等法律上行為都必須透過建商，無法如同一般不動產辦理相關地政登記。使用權住宅的類型，交屋後一般建商雖會給買方一張類似實體股票的使用憑證，前頁標明個案坐落位置、坪數等資料，後頁會列入移轉日期，移轉給誰，建商都要註記，但此在法律上僅能被列為一種債權證明。另外，如果建設公司倒閉了，相關不動產權利變更是否會無法進行，也是一大隱憂。
(3)管委會設立產生爭議
建物所有權人才能成立管委會，而不可分割過戶的使用權住宅，買方無法適用「公寓大廈管理條例」來成立管委會，等同失去依公寓大廈管理條例成立管委會的權利。實務上，地上權住宅住戶只能成立管理小組；但這種管理小組能否等同依公寓大廈管理條例成立之管委會甚有爭議，類似小組也有不具法律地位，不能依法點交社區的公共設施，經手社區公共財務的狀況。
(4)地租負擔事先難以預期金額
租房子，房屋稅和地價稅等持有稅，就是由房東承擔，地上權住宅卻需先付房價，還要付房屋稅和地租等持有稅，因此買地上權房屋應把後面的成本也加起來計算，才知道有沒有買貴。現行使用權住宅買方雖無須每年繳交地價稅，卻須繳交所謂的「地租」給政府，由建商代收。現行地租算法依「國有非公用土地設定地上權作業要點」規定，其地租年息率係以申報地價百分之3.5至5計算，約為自用住宅稅率千分之2的17.5倍，負擔本就較自用住宅課徵地價稅為重。
以臺北市某一知名使用權住宅案來看，繳交的地租近9萬元，但周圍一般房屋的地價稅卻只要繳4千元，算下來地上權房子繳一年地租，等於是一般所有權房子繳22年的地價稅。且最大癥結點，是地租綁定公告地價，前年全國公告地價平均漲三成，光是臺北市漲幅就創下1994年來新高，讓原本資產本就不多，才去買地上權方式興建住宅的族群，大受打擊，每年都要繳比前一年高的地租，非常不合理。應該盡快改善這種地租的計算方式。
三、徒法不足自行
台灣土地資源有限，為了避免大坪數國有土地被財團兼併，在不能標售的政策下，本質為土地使用權利之地上權住宅（以下均指包含使用權住宅之廣義地上權住宅）其實是政策上值得考量的方向，但地上權住宅應該放在政府住宅政策大方向一同去思考，當初民法修正用益物權之地上權相關條文，就已經考量過土地資源稀少，希望能促進物盡其用。但徒法不足自行，地上權住宅是否可行，涉及政府住宅政策大方向為何，究竟是鼓勵以租代買、國宅、地上權住宅或所有權住宅？需要提出一個具體方向。
