不過賴清德卻並未記取教訓，從4月開始，重拾政治操作，突然在國會中拋出自己是「務實台獨工作者」，導致我國連斷兩個邦交國，並且任用爭議不斷的吳茂昆來處理管案，外加吳音寧的殘貨風波，最終讓賴神跌落神壇，在5、6月不滿意度滑落至35%、不滿意度攀升到45%左右，步入蔡英文的後塵。這也直接導致「賴揆」在7月內閣改組時的弱勢角色。
以菊制賴 小英成功壓制新系太子
自陳水扁、呂秀蓮、游錫堃、謝長廷與蘇貞昌逐漸退出舞台，同輩的陳菊卻藉由蹲點高雄十二年，不僅搖身一變南霸天，更成為民進黨目前最具威望的中央級領袖，各派系都得敬她三分。也因此，自蔡英文執政以來，便與陳菊眉來眼去，出現多次小英將邀陳菊組閣的消息。最終，陳菊選在4月接掌總統府秘書長，正式襄助在黨內搖搖欲墜的蔡英文。
要知道，除了前述蔡英文施政滿意崩盤外，尤其親信洪耀福所掌的黨系統也多次出現狀況，從南到北從東到西，都面臨到派系衝突、選舉整合的問題，使得黨中央威信蕩然無存，並讓選舉對策委員會淪為派系衝突調解委員會。
不過當陳菊入府之後，雖然擔任的是「總統府秘書長」，不過在黨務系統中，也可以處處看到陳菊的身影，例如解決宜蘭陳金德與陳歐珀之間的問題、請託此前不斷砲轟中央的張花冠，達成中執會同額競選。當然，這也引來同派系的林濁水表面大力批評陳菊違反憲政分際，實則想勸說陳菊少幫蔡英文淌黨內混水，因為這不利於新潮流的政治布局。
蔡英文拉攏陳菊的目的自然清楚，那就是以此來制衡賴清德，避免賴與新系趁自己聲勢虛弱時而入，這或許也引起賴的危機意識，因此才會如同前述，在陳菊接掌府秘書長後，再度調整策略，進行政治操作。因為英賴之間的問題，並非是空穴來風，在陳菊接掌秘書長前的一個多月時，菊便透過專訪表示，英賴之間只有合作，沒有競爭，兩人不可分割，命運與共。這些話，自然可能是對施政滿意度只有31.9%的蔡英文所說，但更可能的是，說給當時施政滿意仍在47.4%的賴清德所聽。
雖然賴清德目前最大的政治對手是蔡英文，而陳菊正投桃報李的在感謝蔡英文拉拔高雄幫之恩，然而賴清德卻不敢對陳菊表達任何一絲不敬。要知道，林濁水過去就曾爆料，新潮流事實上是反對賴清德接掌行政院長，是在陳菊的勸說之下才終於點頭，陳菊自己也公開表示，自己與賴相互支持，有著姊弟般的深厚情誼。所以說，蔡英文這招以菊制賴，確實瓦解了一盤可能的政治危機，壓制住柯文哲口中的「太子」。
