同樣萌生退意的還有法務部長邱太三，經過一番「強留」，邱太三轉任國安會諮詢委員，邱太三有什麼錯？他自己看得真切，毫不避諱直陳「我就是得罪陳水扁」；除此之外，不簽發死刑執行令，也是最近部會民意反彈之由。問題是，陳水扁要的特赦，豈是邱太三能給？而死刑執不執行，有個人的信念，又何嘗不是政黨基本立場？
邱太三的「陳水扁困境」，蔡清祥能解嗎？
邱太三的為難，同樣會是新任法務部長蔡清祥的為難，陳水扁要的特赦，蔡清祥同樣給不了，倒是執行死刑與否，檢察官出身的蔡清祥，大概沒有太多猶豫和懸念。
台灣經過三次政黨輪替，非常習慣政黨政治、政黨負責的政治邏輯，政治能力或許也是一種專業，但政府各部會政務官或公營事業董事長，不是民選首長，有人氣選上了就是本事，能任用專業首長就能確保團隊運轉不失靈，部會首長能被委以重任，被看中的是專業？還是和總統院長的交情？或者黨內派系的支撐？就蔡政府賴內閣的佈局而言，必須很遺憾的說，「專業」考量大概是排序在倒數而且幾乎不存在。
內閣閣員大風吹，不是新鮮事，畢竟政務官難為，官不聊生幾成定論，往往名字還記不得，就搬風了，人才圈子愈縮愈小，除了慣性以政黨鬥爭為樂者，哪個笨蛋會蠢到的捨身為公形象全失還傷痕累累呢？馬政府最後兩年也有類似光景，不但部會首長異動頻繁，內閣還一再總辭，換到副手不斷升正（這次也有財政部次長蘇建榮升部長），但那是政權更迭前的景象，此刻蔡政府才就任兩年兩個月，竟已零落黯淡至此！這是賴揆的危機、民進黨的危機、蔡政府的危機，也是國家的危機。
