1990 年，大法官會議曾針對「動員戡亂時期國安法限制入境之規定，是否合乎憲法？」之聲請釋憲案，作出第265 號解釋。大法官會議認為國安法第3條第2項第2款：「有事實足認為有妨害國家安全或社會安定之重大嫌疑者」的條文，應該加以限縮解釋，甚至修法以應時勢；藉以維護憲法所保障的人民遷徒之自由。
在海外黑名單人士相繼闖關返台之際，立法院也醞釀修正黑名單的根本條款，也就是動員戡亂時期國家安全法，有立委主張刪除「有事實足認為有妨害國家安全或社會安定之重大嫌疑者」之規定，也有版本主張根本廢除人民入境須經許可的制度，僅限外國籍及無國籍人士才需申請入境，一般人民則可自由返國，無須事前申請。最後，立法院通過的版本並未拿掉「有事實足認為有妨害國家安全或社會安定之重大嫌疑者」之字眼，而是增加但書「但曾於臺灣地區設籍，在民國三十八年以後未在大陸地區設籍，現居住於海外，而無事實足認為有恐怖或暴力之重大嫌疑者，不在此限」。1992 年7 月7 日修法通過後，使得絕大多數在戰後出國留學、工作的海外異議人士得以獲准入境，促使「黑名單」的人數大幅限縮。官方對外表示，「列註名單人士」將由282位大幅減少為5 位（實際上要到同年8 月1 日國家安全法修正條文正式施行後才減為5 人，在此之前仍有全美關懷臺灣人權訪問團12 位成員返台遭拒絕），後來又減為3 位，即刺蔣案主角黃文雄、前台獨聯盟世界本部副主席黃昭堂及前台獨聯盟美國本部主席陳南天等3 人。
隨著黃文雄在1996 年返台，黑名單總於走入歷史，但有關針對國民的黑名單條款，最終仍必須透過大法官解釋及修法才能獲得最終的處理。黃文雄的返台雖然象徵黑名單的結束，但黃文雄未申請入境許可就入境，仍被依違反國家安全法起訴，黃文雄及承審法官都認為國家安全法之規定，侵害人民入境返國之權利，而聲請大法官釋憲。大法官於2003 年4 月18 日做成釋字第558 號解釋，推翻過去的釋字265 號解釋，指出國家安全法之規定侵害人民自由返國之權利而違憲。其實在此之前，1999 年5 月21 日總統公布的「入出國及移民法」，第5 條就規定「居住臺灣地區設有戶籍國民，自本法施行一年後，入出國不需申請許可」，換言之，從2000 年5 月20 日起，只要在臺灣設有戶籍的國民，不論是出境還是入境都不用事前申請，國民入出境需先經申請的制度正式走入歷史。2007 年「內政部警政署入出境管理局」改制為「內政部入出國及移民署」，2015 年1 月組織改造，更名「內政部移民署」，取消了入出國（境）一詞，也削弱了將國民入出境管制作為政權統治工具的可能，真正從「管制」邁向「管理」。
