戰爭結束後，為了壓制反抗力量，山上的太魯閣人被強迫遷往平地，分散各地居住，無法聯絡起事，受到強勢監控，並進行日本化教育。然而太魯閣人的歷史傳承並未消失。他們一直自認是原住民族中自主性與反抗性最強者，跟泰雅族和塞德克族都不同，發展出自己的文化認同，乃要求正名為太魯閣族，在2004年獲得通過，正式成為台灣第十二個原住民族。
然而，早期移入台灣的原住民族到底有多少一直有不同說法。清朝以歸順與否區分，有「生番」、「熟番」之別。1895年之後，日本學者土田滋是以語言作為主要的判準，將台灣的原住民族分成高山族和平埔族兩大類。前者包括住在台灣山地和東部的九個族群：泰雅族、賽夏族、布農族、鄒族、魯凱族、排灣族、卑南族、阿美族，和達悟族。後者則包括原居於台灣北部和西部平原，現已幾近消失的十個族群：凱達格蘭族、噶瑪蘭族、道卡斯族、巴宰族（巴則海族）、巴布拉族、貓霧捒族、洪雅族、邵族（水沙連）、西拉雅族和猴猴族。
1998年，「行政院原住民族委員會」成立後，開始制定認定辦法。欲達到認定完成，須提出申請，考究其族群存在的證據，以及完成一定數量族人之署名，經核定後，即合法保障該族群的利益和權利。截至2014年5月，已經完成認定十六個族群。
由於台灣是一個島嶼，生存環境狹小競爭。歷來各民族之間為了生存空間而戰鬥不斷。
日本學者伊能嘉矩在一八九七年的調查報告：最初定居在如今名為深澳的凱達格蘭族，因為族群的人口日漸繁衍，土地已不夠養活這麼多人，祖先於是把整個部落分為兩半，取該地的草莖，抽草籤來決定命運。抽得長籤的，可以永久居住在平地曠野；抽得短籤的，就必須入深山狹谷居住。而且一經抽籤，就不能後悔，互相還埋石塊於地下發誓。最後抽得長籤的成為平埔族，抽得短籤的，就成為「生番」或「山番」。
然而，時間推移，平地居住的人口漸增，他們決定擴展生存領域，於是向山地推進。「山番」非常憤怒，認為既然平埔族都已經取得了平地，還不滿足，想侵占山地，仇恨愈結愈深，凡是在山路遇見平埔族，必定仇殺才會甘心，後來就慢慢演變為「馘首」的風俗。
兩族結怨日益擴大之後，漢人逐漸從閩南、廣東一帶移民而來。凱達格蘭人面臨雙重夾擊，上有山番，下有漢人，雙重擠壓。在優勝劣敗的情況下，他們只能選擇一邊。「最後我民族選擇了歸順清廷」。這是口述歷史者給的最後答案。
不僅是凱達格蘭人，生存於台灣北部與西部平原的所有平埔族，最後都沒有脫離這樣的命運，同化於不斷移入開墾的漢人之中。
