鈴木明在1973年出版《南京大屠殺之虛幻（南京大虐殺の虛幻性）》（文藝春秋社出版）一書，駁斥「百人斬」為虛構。此後在日本，關於「百人斬」是否屬實，成為爭論的話題。
1990年，當時擔任日本眾議員的日本右派代表人物－－石原慎太郎在接受採訪時就非常狂妄的說：「…南京大屠殺，那不是真的，它是中國人編造的故事。這個故事破壞了日本的形象，它全是謊言。」到了2005年11月3日，當時已經當選為日本東京都知事（東京市長）的石原慎太郎，在華盛頓發表講演中談及「南京大屠殺」時稍微改口的表示，「當時的日本軍隊不可能在6星期內殺死40萬人」，並主張日本和中國應合作對其進行正確的驗證。
而更極端的言論是日本拓植大學（Takushoku University，由日本前首相桂太郎於1900年創立）講師田中正明在1984年6月出版一本名為《「南京大屠殺」之虛構》的書，書中以個人的許多謬論將把南京大屠殺從歷史上一筆勾銷。與之唱和的是政治立場傾日本軍國主義的臺裔日籍作家－－黃文雄在《中國入門》這本書的內容當中認定，所謂「南京大屠殺」，是中國歷史中多次發生的大屠殺翻版而已，他舉清朝名將曾國藩之弟曾國荃率軍征伐太平天國，所引起的「天京（南京）大屠殺」為例，認定所謂的南京大屠殺就是中國人所偽造的。1985年當時擔任日本文部省大臣的藤尾正行也公開呼應了這種說法，他說：「南京大屠殺是一種想像，是誇張捏造的」！1994年法務省（中井洽擔任法務大臣）也表示，所謂的南京大屠殺，只是未經證實的傳說。
2002年11月日本集英社旗下的【Young Magazine】開始連載本宮宏志所畫製的漫畫《國家燃燒》。這本漫畫《國家燃燒》是部半自傳半歷史的作品，透過主人翁的經歷來看日本在二戰以來的變化。連載到2004年9月16日及22日時故事發展至日本侵華，在南京展開大屠殺的故事。這卻引來－－日本右翼政客、團體及網客…對集英社不斷抗議及施壓，並痛駡本宮「利用虛假材料纂改歷史」及「自虐史觀毒害年青人」。最後集英社作出讓步，宣佈暫時停載《國家燃燒》。幾個月後《國家燃燒》重獲連載，目的是讓它草草收場。本宮被右派打壓後轉去畫《上班族金太郎》的續集。集英社最後也不得不宣佈《國家燃燒》的單行本删掉所有與「南京事件」有關的部份，這才讓爭議平息。
2007年2月26日，日本自民、民主兩黨的右翼國會議員召開首次所謂「檢驗南京事件真實性之會議」。自民黨的眾議院議員稻田朋美（2016曾任防衛大臣／即國防部長）在會議上表示：「明知道是謊言，卻不提出抗議，這有損國家利益，有損國家的名譽。」會議中他們透過拓殖大學教授藤岡信勝來驗證已故美籍華人作家張純如的英文著作《南京暴行－－被遺忘的大屠殺》書中有關於南京大屠殺證據所登載照片的真偽。與會的日本右翼分子大聲叫囂──「南京大屠殺被世界性的反日運動所利用，南京大屠殺的受害者人數被誇大。」
