當然中情局一些最有爭議的行動在展覽中反映不多，例如1953年中情局同英國軍情六處推翻伊朗民主選舉政府的聯合行動，以及2001年以後中情局刑刑訊折磨恐怖嫌疑人的行動。
「我們既不證實也不否認」
博物館的第二部分詳細展示了一些特別的行動。
「我們既不證實也不否認」對於報道情報機構的人來說是個比較熟悉的說法。博物館的展覽內容首次說明了這一說法的出處。
1960年代後期，蘇聯的一艘潛艇在大洋底失蹤。後來美國了解到了潛艇的位置，中情局同美國商業大亨霍華德·休斯（Howard Hughes）合作試圖打撈殘骸，獲得潛艇上面的技術設備。當時霍華德·休斯宣稱他們要利用格洛瑪探險家（the Glomar Explorer）號勘探船進行海底採礦，以此掩人耳目。
博物館還陳列了那艘蘇聯潛艇的模型和打撈船船員的衣物，煙灰缸和為掩護格洛瑪探險家勘探船真實目的而製作的郵袋。陳列品當中甚至還有中情局副局長秘密登上勘探船時化妝用的假髮。
那次行動僅獲得部分成功，因為勘探船用鋼爪打撈吊起潛艇時，潛艇船體斷開，只有一部分被打撈上來。
貝爾說，「他們在潛艇上發現的大部分物品目前仍然屬於機密。」
潛艇其餘部分還沒有從海底打撈上來時就曝出當時被稱作「亞速爾計劃」（Project Azorian）的新聞，隨後美國官員被告知，只能說他們「既不證實也不否認」發生了什麼，這就是當時的「格洛瑪回答」，現在仍然被廣泛使用。
1979年伊朗革命後，為了掩人耳目製作了名為「亞果」（Argo）的虛假影片，裏面使用的藝術品也成了博物館的展品。那次行動是為了拯救被伊朗扣押的美國外交官人質，行動人員裝扮成電影拍攝人員。那件藝術品故意被做得讓人難以理解。那次行動後來成了好萊塢電影的題材。
談到破解神秘的藝術品，新博物館的天花板上還包含了用不同種密碼隱藏的各種信息。
中情局官員說，那樣做的目的是讓圖片分享到社交媒體的公共領域，看看人們能否破解其含義。其中一些展品也可以在網絡上看到。但在目前，這個博物館的展覽對大多數人來說只是網絡展示的內容。
