林智堅論文抄襲風暴愈演愈烈，沒有因為台大學倫審定委員會決議撤銷其學位而稍緩，相反的，因為蔡英文中執會要全黨團結力挺，再次炸鍋；隨著中華大學也將做出審定，林智堅要面對的是兩本論文雙風暴，就像林智堅在台大學倫審定委員會組成前，先以政治立場否定其獨立公正，他在出席華大定委員會後面對媒體的說法是，「感覺有老師先射箭再畫靶。」這句話已經為他後續喊冤埋下伏筆。
政治手段處理學術爭議，治絲愈棼
林智堅的感覺是他的主觀判準，未必完全不符合事實，畢竟兩本論文，都是先經過比對後檢舉，學校才必須處理，換言之，先有「抄襲疑慮」，才會有後續的學倫程序，審定委員就「疑慮」詢問理所當然；林智堅最大的錯誤是，他把學術倫理當成選舉戰術，自信政治操作足可擺平爭議，就算擺不平爭議，政治上只要做到「信者恆信」，就未必立於敗局。
林智堅想不到的是，他的論文並不複雜，比對並不困難，學術圈對「抄襲」定義也不複雜，更不模糊，沒有太多心證空間可以製造「灰色地帶」，用政治手段對付學術爭議的後果，就是激起更大反彈，學術為政治服務不是新鮮事，但明目張膽地大戳知識人的脊梁骨，是可忍孰不可忍，但凡是個學者都不可能放任「獨立之精神，自由之思想」的學術道德座標，輕易被政治干擾而偏移，遑論強壓。
這也就是為什麼林智堅操作政治更勝於法律專業的律師，每出手必讓林智堅再下一坑。獵巫台大學倫會召集人蘇宏達，錯！因為學倫會要經過三分之二同意才能通過決議，非蘇宏達一人可決；指控台大學倫會突襲，錯！因為學倫會三次通知林智堅都不到席，在做成決定並公函通知後，才緊急於半夜電郵表明願意出席的三個時間點，本身就是預留相罵本的笑話；聲稱林是參選人，哪有時間配合學倫會的約詢，大錯特錯！林智堅當政客慣了，以為政客就是走路有風人皆避之，忘了即使威權強人蔣介石，在知識與學術面前，也得禮讓三分；最重要的，上述手段不論是愚是智，都和林智堅論文內容到底是否抄襲無關，即不能證明沒抄襲，相反的，政治手段愈強烈，反倒愈引人狐疑：你的論文到底有什麼問題？
研究生可以參與計畫，論文不能照搬
林智堅的自我辯護有沒有就論文實質內容討論呢？有，遺憾的是，他的自辯之詞，還是加深懷疑─寫過兩本論文，難道還不知道學術倫理的基本要件嗎？隨便舉例，他提供了民調資料，不表示他沒抄，更不表示他就能抄；他援用指導教授陳明通的說法，抱怨若不同意提供調資料，且陳明通在他不知情的情況把計畫草稿提供給另一位同學參考，或許就沒有今日之事，首先，「計畫草稿」不是論文初稿，除非他的「計畫草稿」和另一位同學的論文大比例相同，事實是，他沒提出「計畫草稿」，倒是另一位同學提出的「論文初稿」時間比他口中的「計畫草稿」更早。
而不論是陳明通愛徒心切，或者林智堅為了選戰寧可坑師，陳明通的學術生涯無可避免的因此染上汙點，還要接受學倫會的後續調查，更甚者，陳明通指導過的學生論文，全部被拉出來檢視，上千學者連署「大學授予政治人物學位應有公眾監督機制」，還有人主張政界被陳明通指導的論文，全部比對一次，以昭學術公信，林智堅就算沒壞一鍋粥，這鍋「通師論文」也酸了一大半。
林智堅坑的不只陳明通，還有華大論文指導教授賀力行，照他的辯詞，他的論文是依照竹科計畫，他和指導老師賀力行、王明朗在二００八年四月已經「共同做一次聯合發表」，六月下旬論文口試結束，七月竹科期末報告結束；不過，台北市議員王鴻薇揭露的事實是，竹科報告沒有林智堅的名字，該份論文十一月又再投英文期刊，共同作者換了另外兩位研究生，沒有林智堅；若他所述成立，這一回是老師抄學生，那麼賀力行的麻煩可能比陳明通更大，因為這份「一魚四吃」的論文是竹科標案，拿了政府預算，就算林智堅不主張著作權，竹科也不能不追究著作權，否則即是公務員瀆職，「賀師論文」的產製能量還是「通師論文」的三倍。
賀力行網站公布的論文研究成績裴然，絕大多數都有共同作者，不乏政府計畫或標案，賀力行拿下的標案或計畫與研究生共同發表，再另外成為研究生的論文，林智堅或者並非首例，若是賀力行抄林智堅，其他的結案報告是否情節雷同？若中華大學做成師抄生的結論，那麼「賀師論文」要受到的檢驗不會比「通師論文」更輕。
「雙論文風暴」─林智堅送給國民黨的唯一原創
有論者以管中閔與陳建良抄襲案為例，指研究生參與國科會計畫並做為論文是通例，若這就構成抄襲則八成研究生要遭難，而管中閔若不是抄襲，林智堅也不能算抄襲；這又是事實錯置，因為在管案中，是生抄師（的手稿），管、陳本來就沒有抄襲，而該名研究生已經引注是參考老師的手稿；若以研究生參與計畫而老師漏列學生之名，學生通常不會追究為通例，或許讓賀力行承認竹科結案報告漏列學生名字，是一個為林智堅解套的方法，但是竹科報告和學生碩論八、九成雷同，還是板上釘釘的抄襲（管案中的生抄師也只有引注的一段而已），碩論不能全抄竹科標案，標案不能全抄碩論，這麼簡單的道理，林智堅不懂，桃李滿下下的賀力行豈會不懂？賀力行的竹科標案若照搬學生林智堅的論文，學術圈該將他除名吧？
林智堅「雙論文風暴」，不但坑師，還坑黨坑總統，蔡英文做為國家元首，心心念念只在民進黨的選舉，她要全黨力挺林智堅參選不是問題，但她一句「只要是完整看過兩本論文，而且完整了解事情來龍去脈的人，都願意選擇相信智堅沒有抄襲。」卻自陷風暴，第一，這說明她完全不知學術倫理何物，很難想像她是寫過博士論文的「一點五個博士」；第二，她完全不知總統權力再大，也不能輕踐學術專業，遑論節制權力；第三，民進黨博碩士成群，卻要為了林智堅無視是非，成了政治欺凌學術的黨，包括有志大位的中研院士、前副總統陳建仁，真尷尬，陳建仁當年也因為掛名共同作者而陷入論文抄襲風暴，陳建仁的辯解是「論文抄錄不當不是抄襲」，但台大仍對主要作者祭出停權五年的處分。（附註：根據台大學倫會記者會，學倫審定委員不只看過兩本論文，而是逐段比對，有爭議就表決。）
林智堅「原創」了這個「雙論文完美風暴」，奉送給選情低迷選將積弱的國民黨，能說什麼呢？「出來混，始終要還的。」──這句話語出港片《無間道》台詞，原出處據稱是杜月笙，註明原引處，不算抄襲。
