在強森夫婦的孩子出生之間的20個月裏，與其他先進的西方國家相比，英國的新冠死亡率高於平均水平，但在疫苗的開發和接種部署方面處於領先地位。
但逐漸寬鬆的防疫政策表象之下，潛藏著各種問題。
英國新冠疫情開始惡化時，強森和主持內閣緊急會議，制定了「四步抗疫」計劃，3月12日宣佈抗疫進入第二階段，「延緩」階段，建議民眾盡量居家禁足，但沒有像意大利那樣實行嚴格封城鎖國、取消大型公共活動、禁止公共場所聚集等防疫措施。
這種策略背後的各種考量之一，群體免疫理論，引發激烈爭議。批評者認為這種做法無異於賭博，弊遠大於利，贊成者認為這有助於實現疫情「錯峰」、避免「隔離疲乏」、避免醫療資源受擠兌，不堪負荷而奔潰。
另外一種批評指英國政府抗疫不力，延誤戰機，浪費了備戰時間。
強森曾經高度依賴的顧問康明斯（Dominic Cummings）2021年5月在一個特別委員會面前爆料，稱強森推遲了防疫封鎖並無視科學建議，導致成千上萬人不必要地死亡。
「派對門」醜聞
康明斯表示，他的前老闆」不稱職「，不適合擔任首相。
強森還因唐寧街公寓的昂貴設計師改造而受到調查；唐寧街公寓是他與家人住在一起的，最初由保守黨捐助者支付。
首相的道德事務顧問蓋特勳爵（Lord Geidt）最終為強森洗脫了指控，但他表示強森對自己承擔的角色」不夠「尊重。
隨後出現了一系列對首相行為不端、任人唯親、傲慢、無視規則的批評。
強森為了幫助因違反游說規定面臨停職的盟友，議員歐文·帕特森（Owen Paterson），試圖重寫議員的紀律守則，似乎加深了這種印象。強森後來承認那是一個」完全的錯誤「。
更糟糕的是，2021年11月，」唐寧街派對「被小報《每日鏡報》首次曝光。一個多星期後，2021年的一段視頻曝光，顯示唐寧街工作人員不顧不得在室內聚集、防止疫情擴散的規定，開玩笑說要舉行聖誕派對。
時任唐寧街10號發言人阿萊格拉·斯特拉頓（Allegra Stratton）曾在視頻中開玩笑說」這不是一個派對，而是奶酪和葡萄酒「，她辭去了政府顧問的職務，淚流滿面，抱憾不已。
強森告訴國會議員，他對這段視頻感到」憤怒「，並下令進行調查。但負責此事的西蒙·凱斯（Simon Case）在辦公室主持了一次聚會後被迫辭職。
強森被迫承認，在第一次防疫封鎖期間，他曾在唐寧街花園參加」自帶酒水「派對，但堅持認為那是工作。
