前一陣子中研院翁啟惠院長因浩鼎案辭職，之後啟動新院長遴選，惹來不少風波，有很長一段時間，社會上對中研院並不友善，有人主張中研院可以仿效歐美國家，將研究機構與民間學術榮譽授予機制分流，如日本的RIKEN與日本學術院；德國的馬克斯普朗克學院（Max Planck Institutes）與德國學術院；法國的CNRS與法蘭西學院；英國的研究委員會（Research Councils）（如MRC）與皇家學會；荷蘭的TNO與荷蘭皇家學術院；美國的NIH及各國家實驗室與國家科學院NAS﹝另有工程學院（NAE）與醫學學院（NAM）﹞。前者大體皆是政府公務機關或獨立行政法人，後者則多係民間組織（但很多也接受政府之大力支援）。依此，中研院亦可做切割。歷史上中研院先設，二十年後才有院士組織，因此原來設置目的有推動科技研究與學術領導之功能，後來且設在總統府作為公務機關，惟時過境遷，科技已屬行政院執掌，且有科技部與教育部及各部會科技顧問室，總統府已不宜介入，中研院這方面的功能與職掌應再調整。至於學術領導，台灣已有一四二所大學，眾聲喧譁，恐已無此需要，中研院亦無此能力。
因此有人主張，可讓中研院的院士組織從放在公務機關的中研院，改為民間機構作為榮譽授予之學術院，以呼應歐美主流（不必再仿社會主義國家或蘇俄、東中歐、與中國之建置），這樣就可以由所有院士直接選出院長，名正言順，不必再與公務機關之首長產生方式一樣（如司法、監察、考試三院院長之產生，皆須總統提名立法院同意再經總統任命）。至於中研院本來已有之研究所與中心及經費，可仿歐美作法如Max Planck、CNRS、MRC或NIH之方式獨立運作（也可以行政改隸），要不然更有效的作法是讓這些研究單位與經費併入台大，讓台大由百大邊緣迅速前進世界五十大，這樣是在國家財政困窘又想儘快獲取國際聲名之下的最有效方式，也算符合國家政策目標，總比目前現狀好很多。
但就如前述，這樣一個裂解中研院的重組方案，以現況而言雖不至於因此瓦釜雷鳴，卻至少是黃鐘毀棄，對本國的學術、科技、產業、與教育的累積性貢獻並無好處。台灣現在無厘頭的民粹與經常敗事的平均主義盛行，已經快要變成是破壞容易建設困難的地方，做這種建議的人也許並無惡意，甚至自認是具有遠見的主張，不過參酌台灣現狀，還是讓中研院依現行的卓越路線發展下去，才是上策。只是社會諸多意見，中研院不能視而不見聽而不聞，期待能放下身段，好好了解根源，才是正辦。
