除了中情局密切注意國府內部為了軍中政戰制度引發將領之間對蔣經國的不滿，美國國務院1951年10月5日有一份列為極機密（Top Secret）的檔案，是由主管中國經濟事務官員巴奈特寫給遠東事務助理國務卿魯斯克的備忘錄。巴奈特剛剛從台灣視察回到華府，他在這份備忘錄表示，美國對於不讓共黨控制台灣是享有利益的，部分是出於對台灣島上的人民的關愛，另外就是台灣作為美軍海軍基地與空軍基地的價值，更重要的是，台灣的存在，對於蘇聯支配的中共所控制的中國大陸，會造成困擾與心理上的破壞因素。
巴奈特建議美方必須要求蔣中正同意，美軍顧問團對於軍事預算的大小與特性，可以擁有否決權，並且在所有的軍事支出項目，不論經費是來自於美國或者中國人自己的錢，也都擁有否決權。他認為，只有經過軍事協助作為槓桿，台灣所需要完成的軍事經濟及社會改革，才能夠完成。美國這種高姿態，在國府內部難免引起不滿，尤其是主張擁有准駁國府經費使用的權力，更是有侵犯中華民國政府的嫌疑。
巴奈特的備忘錄當中，提到國府面臨有三大問題，這三大問題分別是聯勤總部，政戰系統、裁減陸軍，這三項表面上看起來沒有什麼特別，稍加深究，都與孫立人有關。孫立人反對蔣經國在軍中推動政戰制度，孫立人憑藉他對美國人的影響力，也促成美國傾向他的意見，對國府嚴加批評。
巴奈特在備忘錄提到，聯勤總部是抗戰期間，經由美軍建議，在大陸成立的機構，聯勤總部在大陸時期有所作用，但在台灣卻毫無作用。在台灣的海空軍大部分依賴自己的補給系統，聯勤總部卻是在孫立人想盡辦法爭取陸軍部隊最低需求的給養時，讓孫立人綁手綁腳，聯勤總司令不過是蔣中正個人的工具，蔣中正透過參謀總長周至柔把自己的想法傳遞命令給聯勤總司令。巴奈特引述孫立人與蔡斯的看法，軍中政戰制度對於達成良好軍事紀律、高昂士氣、有效的戰鬥潛能，形成了障礙。
美國國務院、中情局都同時在1951年注意到蔣經國推動政戰制度引發國府內部的衝突，尤其立場親美的孫立人，更成為美國反蔣意見的主要來源，巴奈特在他的備忘錄中提到他對兩位孫立人幕僚的觀感是，吸引人與聰明。美國對國府軍隊的許多負面看法，多與孫立人有關，在那時敏感的政治情勢下，不免埋下了日後孫立人案的遠因，國府後來整肅孫立人，也無非是向美國表態蔣中正對台灣的控制，並非美國可以指指點點，甚至是美國不要妄想在幕後陰謀發動軍事政變。
無論如何，在美國的高度壓力下，蔣經國暫時採取了妥協，1951年12月5日的中情局密件顯示，在蔣經國的提議之下，蔡斯指派美軍軍官到國防部總政治部實地觀察政戰官的作為。後來的發展，軍中的政戰制度並沒有因為美國的壓力廢止，海軍的政戰人員仍由政戰系統指派，為了政戰制度存廢爭議，與蔣經國意見不合的桂永清、孫立人，後來都遭到調整職位，桂永清1952年離開海軍，雖然桂永清因為深受蔣中正信任，被委以參謀總長重責，上任不久即病逝。孫立人晚年際遇淒涼，多半起因他在美國人面前告蔣經國的狀有關，孫立人與蔣經國在國府內的鬥爭，幸好國府顧忌美國壓力，孫立人僅被軟禁，苟全性命於亂世。至於政戰制度對軍中的控制，其實也沒有如蔣經國所設想那般，近年來許多重大軍中弊案，政戰制度幾乎都沒有發揮事前蒐獲情資，採取即時防範的功能。
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