1950年代白色恐怖時期的許多政治冤案，多出自保密局與政治部，當時蔣經國還與台灣保安司令部副司令彭孟緝交好，更助長蔣經國與毛人鳳競爭的優勢。相較於國府內部許多將領而言，蔣經國不是親美派將領，因為他在蘇聯待過許多年的經歷，起初美方對蔣經國多所懷疑，毛人鳳更是藉蔣經國的蘇聯背景，多加影射，拉攏美國的支持，保密局因為與美國合作，也與當時美國在香港方面發展非國民黨背景的反共第三勢力有關，不過這個派員滲透大陸，在大陸內部蒐集情報的計畫後來並沒有成功。
毛人鳳在1956年5月赴美治病，當時台灣管制出國，毛人鳳享有一般人少有的出國治病的特權。毛人鳳生病出國前，保密局調整任務，在1955年改為國防部情報局，專責對大陸情報工作。這個保密局的改組，就是蔣經國掌握國府情報系統的成果之一，蔣經國還透過當時擔任國安局副局長的陳大慶，對情報局加強掌握，情報局1985年又改為軍事情報局。
毛人鳳在權力鬥爭方面居下風，身體健康也出問題，赴美治病期間，蔣經國多次發電報給在美國的毛人鳳表達關心，國史館出版的蔣經國手札一書當中，可以看到在毛人鳳出國後，蔣經國頻頻去電關切，1956年的5月11日，29日，6月4日，26日，8月1日，19日，蔣經國還請中華民國駐美大使董顯光，就近照顧毛人鳳的治療，連毛人鳳的醫療費用都命令董顯光支出解決，返台旅費也由大使館支出，蔣經國雖與毛人鳳不和，卻對毛人鳳的病情表現出十足的關心，蔣經國還要毛人鳳休息三個月，病中的毛人鳳也難與蔣經國爭鬥，蔣經國也就順勢到情報局主持會報，還把這件事情在電報中告訴了毛人鳳，不無表現勝者為王的氣勢，毛人鳳回台後不久病逝，情報局也就順利成章地為蔣經國接手控制。
蔣經國對病中的毛人鳳如此噓寒問暖，提供醫療費用與旅費，但對於毛人鳳的身後事，卻有那麼嚴厲的批評，好似一個人有兩張不同臉，但這似乎也顯示蔣經國對毛人鳳的關心，不過是官場的表面周到，並不一定出自真心。
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