回憶李明哲出事第三天，李凈瑜說當時她是哭著跟施明德說狀況，而施明德回應，這狀況有兩種選擇──第一，什麼都不管、全面妥協、卑微地私下地跟中國交換條件，期待中國可能把李明哲還回來，但還不一定能實現；第二，堅持原則、用有尊嚴的方法公開與中國抗爭，要保全李明哲的名譽、維護李明哲的信仰，「但這一定要付出代價。」
「我希望回來的是我的李明哲，不是只有他的身體，我還要他完整的靈魂。」李凈瑜當時這樣回應，也從此定調李明哲的「政治犯」身份，不向中國妥協、直指獨裁政權錯誤、拒絕非法審判、聲明稿的一字一句絕不背叛台灣尊嚴。
「我必須承認，要讓明哲像『人』的方式回到台灣，要付出的代價、意志力，遠遠遠遠超乎我的想像。」李凈瑜坦言這過程真的很辛苦，也曾想過是否該妥協卑躬屈膝、走旁門左道花錢收買，但她深知「那只會傷害我認識並且深愛的人」，最終仍選擇抗爭到底。
如李明哲所言，李凈瑜的選擇對中國政府造成極大壓力、讓他平安回家，這過程當然也不是兇就好，李凈瑜分享當初定調高調救援李明哲、抗爭到底時，施明德寫下的5項原則──
「一、不能向迫害者低頭、求饒。因為向壓迫者低頭求饒，只會滿足其氣焰，無助於救援，後遺症又無窮。
二、輕視法律救濟，重視政治救援。在獨裁政權下，法律只是其玩物，不要聘請律師，不要參與其非法的所謂『審判』。幻想依法論法，只會讓受難者越陷越深、無法自清，更會讓迫害者以『法律』合法化其罪行。
三、堅守國家主權地位，絕不背叛台灣，絕不迎合中國的立場。這是本。不能想討好中國而説出任何傷害台灣主權的言行。背叛國家，連國人都不會同情。
四、維護受難者的尊嚴與榮譽。榮譽在，受難者就存。受難者在孤立及脅迫下的反應，正常人都應體諒，不可苛責。囚禁中，家屬必須激勵其鬥志，協助其恢復榮譽心，和壓迫者對抗，成為其心中的能量。
五、救援行動越公開，受難者越安全。壓迫者只敢私下凌虐，不敢公然施暴。營救工作越公開，對受難者越有安全保障。特別是國際的救援行動，會使受難者的能見度大增，倍增安全度……營救工作必須整體思想、思考，不能随興反應漫罵，沒有章法，那樣只是在發洩營救者自己的情緒。」
「這是5年來救援李明哲的原則，我覺得對台灣社會介紹這些是重要的，也希望這些分享對未來有困境的人得到幫助……我跟李明哲團圓了，但這些經驗可以被台灣人學習。」李凈瑜說。美麗島事件的淵源一路影響今日救援李明哲，但李凈瑜也提醒，如今國家檔案仍被部份封存、50年後才能開放，這是必須持續監督的，才能使更多台灣民主經驗啟發未來每個有困境的人。
