日大的學生運動，從一開始就是流血抗爭。日大有體育的傳統，學生中所謂「體育系學生」，也就是拿體育獎學金的學生較多，而這些學生的利益是和校方一致的，所以「體育系」和「全共鬥」不斷發生流血沖突。
幾乎與日大同時，東大全共鬥則在要求改善實習醫生勞動制度而解開序章。研修制度成了醫院和開業醫師使用低價勞動力的手段，一直受到醫學院學生和年輕醫師的反對。
《讀賣新聞》的明治維新百年紀念的座談會上，有人說明治維新沒有經過改革而一路過來的只有相撲、歌舞伎與醫學部。意思是這三個堡壘最封建保守。
1967年開始僅僅是限於醫學部的反對研修醫制度的鬥爭，並沒有引起人們的注意。但這次東大醫學部學生舉行無限期罷課，他們認為登錄醫制是國家壟斷資本的「醫療帝國主義的再編」。醫學部也毫不示弱，一下子處分17名為首的學生。這樁前所未聞的包括開除4名學生在內的處分卻被教授會通過。當時東大各係教授會各自獨立，評議會與學部長的會議都不能幹涉醫學部教授會內政。
但是受到處分的學生中，有一名當時人在九州，不在學校，但醫學部對這種明顯的冤案視若無睹，堅持處分。1968年5月，國會通過包括登錄醫制在內的醫師改正法。學生的罷課行什麼也沒改變。醫學部學生在1968年6月15日占據了東大的象徵－－安田講堂。學校方面認為集團暴力是對大學自治傳統的挑戰，頭盔是大學自治的敵人，應被人恥笑的暴力主義。
大河內總長本人也是馬克思主義經濟學者，進步知識人，但他堅持認為導入機動隊正是為了校園的秩序。至此，學生認為機動隊進入大學是所謂大學自治神話徹底崩潰，引起眾怒。1968年11月，大河內總長辭職。
安田講堂長期以來為東大權威的象徵。大河內總長1968年在記者招待會上說。從前學生經過安田講堂都要脫帽，如今在它前面舉辦集會，真是做夢都想不到。它是東大最神聖的地方。而全共鬥卻認為，占領安田講堂就是否定權威的象徵。女學生還認為它是男根的象徵，意味男權本位。全共鬥將之命名為「1968解放講堂」。
1968年7月，東大全共鬥數百人成立「本部封鎖實行委員會」，再次封鎖安田講堂。但東大全共鬥缺乏政治展望，具體目標。其他大學反對學費上漲，有具體的目標，因為有妥協的餘地，鬥爭雖然也有「自我確定」的因素，但不是鬥爭的目的，而是鬥爭的副產品。只有東大拘泥於「主體的確立」「思想的表現」，政治上絕不妥協。
與日大築路障，街壘保護學生，防止右翼體育係學生流血沖突不同，東大封鎖研究室，意為確立主題，更多的是意識形態的層面。
