戰後，前南斯拉夫國際刑事法庭（ICTY）追究塞爾維亞軍強暴婦女的戰爭責任，在1996年首度以「反人類罪」（Crime Against Humanity）的罪名，起訴加戈維奇（Dragan Gagović）等8名戰犯，指控她們在「福查種族清洗」之中，集體強暴、凌虐穆斯林女性，讓她們淪為奴隸。這是國際法庭上首度以「反人類罪」之名，專門起訴戰爭中強暴女性的加害人，ICTY隨後依其犯行，分處11年至28年不等的徒刑。
ICTY此後也持續審判犯下種族滅絕罪行的戰爭主謀，先是於2016年判處前塞族共和國總統卡拉季奇（Radovan Karadžić）40年有期徒刑，再於2017年判處有「波士尼亞屠夫」之稱的前波士尼亞塞族共和國參謀總長姆拉迪奇（Ratko Mladić）無期徒刑。至2017年底ICTY正式解散為止，共聆聽近5000位證人的說詞，起訴161人，對於釐清波士尼亞戰爭責任意義重大。
盧安達大屠殺
1994年，東非的盧安達爆發慘絕人寰的「盧安達大屠殺」。盧安達國內的胡圖族（Hutu）在比利時殖民時期就與居高位的圖西族（Tutsis）積怨已久。1962年盧安達獨立，卻將政權交由人口較多的胡圖族。胡圖族掌權之後，開始屠殺圖西族。圖西族人則組成「盧安達愛國陣線」（RPF），反抗胡圖族統治。
1994年4月6日，載有盧安達胡圖族總統哈比亞利馬納（Juvenal Habyarimana）的班機意外遭擊落，機上人員全數罹難。胡圖族激進主義者指控RPF犯下這起空難，號召胡圖族人屠殺圖西族人。短短100天內，鄰居成了仇敵，胡圖族屠殺了至少80萬、盧安達境內占70%的圖西族。聯合國報告指出，至少有25萬名女性在這場大屠殺之中遭到性侵。
更令人髮指的是，胡圖族的極端主義者更召集數百名罹患愛滋病（AIDS），在醫院接受治療的患者，組成「強暴部隊」（Rape Squads），故意強暴圖西族女子，使她們成為HIV帶原者，甚至感染愛滋。研究發現，有加害者會以此威脅被強暴的婦女：「我們不會殺害妳。我們要讓妳更慘，使妳慢慢地死亡。」一份抽樣調查則顯示，1200名盧安達大屠殺倖存女性，竟有三分之二是HIV帶原者。
大屠殺之後，1994年成立的盧安達國際刑事法庭（ICTR）開始究責，於1998年做出世界首例，認定「強暴與性犯罪構成種族滅絕」的判決，將鼓吹民眾強暴婦女的塔巴（Taba）市長阿卡耶素（Jean-Paul Akayesu）以種族滅絕、反人類的罪名，判處終身監禁。
