美國獨立院校認證委員會（ACICS）去年宣布「不再承認矽谷大學的大學資格」後，該校已經不可頒發學位，等於吊銷相關辦學執照。如今加州私立高等教育管理局（California Bureau for Private Postsecondary Education）連考試也不讓矽谷大學舉行，這間大學基本上已是徹底失能，所有在校生也不可能在此取得任何學位。
根據CBS報導，矽谷大學並不是第一次碰上麻煩。至少兩年前就有該校的印度學生被拒絕入境，直接被遣返回國。當時國土安全部門就認為，矽谷大學其實是一間所謂的「簽證工廠」。矽谷大學校方表示，同學們都對不能考試跟取得學位感到非常難過，「因為他們都知道這是一間合法的學校」。校方還說，這次被吊銷執照都是因為校長蕭鳳鳴失職，未來也會全力爭取重新得到大學認證。
《美國之音》報導，蕭鳳鳴和程美心這對現已離婚的夫妻團隊，如今互相指責對方利用大學資金，謀取個人利益。根據法院訴訟記錄，蕭鳳鳴被指挪用近3500萬美元後被校董事會開除，而他指責程美心挪用大學的資金購買房產，更多類似鬧劇在學校裡不斷上演。目前美國國稅局與加州司法部長辦公室已經展開調查，該校的違規行為包括在台灣違規使用有償招生人員，讓沒能通過英文考試的學生接受英語授課。
美國國稅局的文件顯示，2016年，矽谷大學收入為3050萬美元，工資和其它開支為1100萬美元，該校對1950萬美元的盈餘沒有交稅。學校董事長蕭鳳鳴，年薪18萬美元；首席財務官程美心收入9.8萬美元；她的弟弟程凱文是該校教務長，收入11.9萬美元。
