不過日軍很快發現，在與英美的作戰中，他們需要這批熟悉英語的華人來協助他們翻譯盟軍情報。國民黨人當中，則分裂成支持汪精衛的親日派與支持蔣中正的抗日派，前者又可以幫助日本昭南憲兵隊壓制主張共產主義的馬共游擊隊。於是從對抗盟軍與維持治安的角度出發，日軍轉而開始重用懂英語的華人與具備國民黨黨籍的華僑，給了李光耀前所未有的機會。
日軍促成亞洲意識崛起
李光耀在日軍佔領新加坡後，成為昭南日本學園的第一批學生，開始學習日本語。他在回憶錄中坦承：「如果在往後幾年中，日本人將繼續留在新加坡成為我的主人，為了避免麻煩和便於謀生，不得不去學習他們的語文。於是，1942年5月2日（開課第二天）我到奎因街日本當局所辦的日本語學校報名，成為第一批學生」。
完成三個月的學業後，他高唱著日本國歌《君之代》迎接畢業之日的到來。隨後李光耀進入日軍宣輔班工作了一段時間，再進入國泰大廈的日本陸軍報導部服務，協助日軍翻譯美國、英國以及重慶的相關電訊。在那個日軍把英美盟軍打得滿地找牙，「大東亞共榮圈」口號席捲東南亞的時代，李光耀那個時代的華人是真心相信「東風壓倒西風」的時代到來了。
雖然是接受英國教育長大的華人，但李光耀對白種人過去處處高人一等的姿態有明顯體悟，所以日本人雖然是殘暴的侵略者，但是如果他們的到來能夠終結過去歐洲列強加諸在有色人種身上的枷鎖，他是能夠接受的。李光耀強調：「日本人從來不會知道他們對像我這樣一代人所造成的影響，但是，他們確實造成我及和我同一代人的決心，致力於爭取自由，擺脫外國人的奴役與統治。」
「肅清」看在李光耀眼中，就如同「文革」看在許多今天的大陸人眼中一樣是中華民族走向「偉大復興」的過程中「艱辛探索」的一部分而已，是亞洲黃種民族擺脫西方殖民的「必要之惡」。二戰結束後，李光耀雖然從鞏固權力的角度出發，積極替「肅清」受害者向日本索賠，可事實上他從來沒有討厭過日本，甚至還允許把新加坡的日本人墓園保留下來。
根據筆者的觀察，新加坡政府在歷史教育上也從來不會譴責那些日本佔領新加坡以後，主動向日軍報名學日文的人。一來這本身就是李光耀的經驗，二來則是新加坡向來鼓勵多重語言教育，包括學習「敵人」的語言。直到李光耀去世為止，他始終是「亞洲價值」的守護者，反對一面倒學習西方民主，顯然還是從日軍的「開明專制」中學到的經驗。
強調族群包容與和諧
日軍佔領新加坡，給李光耀帶來最大的反感之處不是「肅清」，也不是憲兵隊的鐵腕手段，而是日軍對華人、馬來人、印度人以及歐亞人採取分而治之的政策。早在日軍來到新加坡以前，不同族群之間的關係就已經很不和諧，等日軍來到以後矛盾更是深化。以華人為主體的馬來亞人民抗日軍，更在日本投降以後挑起事端，對馬來人和印度人展開瘋狂屠殺，擴大族群矛盾。
