台北地檢署10日上午對前陸委會副主委張顯耀疑似洩密案做出不起訴處分，當時舉發張顯耀的陸委會主委王郁琦獲知消息後，立刻宣佈請辭負責。王郁琦並舉行記者會，對檢方決定「感到失望與無奈」。他更痛批張顯耀「雖然迴避了法律責任，但逾越政務官應有分際」。
北檢對張顯耀案的不起訴處分，使王郁琦成為歷來第一個主動請辭、而非隨政府人事調整而去職的陸委會主委。王郁琦表示，他已在第一時間向馬英九總統及行政院長毛治國報告此一決定。對於府方尚未准辭，王郁琦表示，「事情已經決定，應該不會再改變」。
王郁琦在獲知北檢決定後在陸委會舉行臨時記者會，開場白便以3分多鐘時間痛批張顯耀行為不當，並高分貝質疑檢方的不起訴理由，直言無法認同此一結果，並感到非常失望與無奈。但王郁琦也說，就算自己無法認同檢方決定，但基於對司法的尊重，也只能接受這樣的結果。
王郁琦表示，過去這段時間，陸委會已盡可能提供資料給檢方，能做的、該做的，陸委會都做了；但辦案過程中所需要的其他佐證，以及法律責任認定，已非陸委會權責。
王郁琦說，檢方雖然對張顯耀案作出不起訴處分，然而相關證據也顯示，張顯耀的確涉及3項不當行為，一是在與中方談判前洩漏談判內容，二是將機密資料透過一名台商轉交中方，三是透過國內一家企業所供養的民間助理，處理涉及國安的政府機密資訊等行為。
針對不起訴結果，王郁琦痛批，張顯耀的所作所為，或許迴避了法律責任，但他身為一名政務官，尤其位居兩岸事務中這麼重要的位置，已經踰越了應有的本分。王郁琦激動表示，如此涉及國安的案件竟然未達違法程度，變成一種「不起訴的洩密」，本人非常遺憾。
王郁琦說，當初在向長官報告本案時，即已表示願意負該負的責任，今日請辭就是負責的結果，「本人無怨無悔」。他更在記者會上多次強調，為了維護國家安全與談判團隊紀律，「就算時間重來，就算知道自己最後必須要離開這個位置，還是會作出一樣的選擇」。
王郁琦說，陸委會的工作，必須承受來自各方的壓力，並常遭外界誤解與責難，但他在陸委會同仁的襄助之下，堅持捍衛台灣的安全與利益，並在任內建立兩岸事務首長互訪，及陸委會與國台辦間常態性溝通聯繫機制，對兩岸互動將產生深遠的影響。
