因此，除了美國之外，台灣與日本經貿整合的關係，在公投後成為焦點，特別是日本是CPTPP機制的重點國家，而日本核災區的福島周遭五縣食品，多年來無法出口台灣，一直是日台雙方磋商以久的燙手山芋。
被認為對日本執政黨仍有影響力的日本前首相安倍晉三，便在台灣公投前夕高調接受台媒專訪引發關注。本月初，安倍接受親綠的台灣《民視電視台》訪問說，他個人支持台灣參加CPTPP，但安倍稱「蔡總統已經表示會接受CPTTP的所有有關規範，重點是CPTPP設有較高的規範。」
安倍訪問播出後，日媒稱安倍高調發言，是寄望台灣能解決萊豬問題後，接著討論開放日本地震災區的食品進口。
12月18日公投結果出爐後，日媒大幅報導分析公投結果，並將焦點轉移到福島食品解禁。日本《讀賣新聞》稱公投結果對期待開放市場、與加強台美關係、推動加入CPTPP的蔡英文政府來說是實質勝利。《讀賣新聞》特別強調，此次公投案遭否決便有可能解除對福島等5縣食品的進口管制。台灣中研院副研究員吳建輝也曾對BBC中文說，加入CPTPP是台灣政府長期推動的政經戰略目標，但能否解禁日本福島食物進口，是目前台灣加入該機制的最大挑戰。
日本國際教養大學（Akita International University）中國研究助理教授陳宥樺向BBC說，加入CPTPP需要與其他11個會員國做事先的階段性協商。而對於國營企業的補貼、知識產權、數據儲存等問題這些中國大陸都尚未解決，而輪值國日本對於遵守此類規則向來有很高要求。
藍綠繼續纏鬥
此次公投也是台灣兩大政黨一次展現彼此政治實力的對壘。
台灣中央選舉委員會前主委陳英鈐在公投後的座談會上觀察稱，民進黨面對公投開始是驚慌失措，但方向確立後，全黨一致團結，氣勢如虹動員支持者出來投票。反觀國民黨在黨內團結上不夠一致。
不過，台灣中山大學政研所廖達琪特聘教授則認為，此次公投對台灣兩大黨來說，如此低投票率是個警惕，沒有人是贏家。廖達琪向台媒聯合新聞網分析，蔡政府「府院黨」全力動員，「和藍營資源天差地遠，投票結果，四大公投案都沒通過得票門檻，綠營沒能贏得風光，對蔡主席領導威信仍是警訊。」
宋文笛則告訴BBC，此次公投的結果證明民進黨政府依然擁有充沛的政治實力，並未明顯受到進入總統第二任期影響。「在早期公投議題民調相對不利的情形下，蔡英文政府依然具備足夠的政治說服力和內部政治統合及動員力，帶動開出對其有利的公投結果。」
