不過，斷航才不過幾天光景，台北當局發現情況並不如原先設想，賴名湯日記在4月24日寫下，日本損失不大，相差只有40多分鐘飛行時間，但對我飛美國，相差幾千里，中華每次要損失2萬美元，但為了國家尊嚴，一切都不顧了。
沈呂巡曾在2009年11月擔任外交部政務次長時，與台北媒體談論到與日本復航的問題，當時沈呂巡說，斷航之後，除了日本班機無法來台外，日本飛往東南亞的飛機亦須繞道，對於油料的開銷明顯增加。日方才認知到斷航的嚴重性，希望藉由道歉來換取復航，並改由宮澤喜一擔任外相，於國會質詢中重申，任何承認中華民國的國家都會認為華航飛機上的旗幟是中華民國的國旗。因為日方對我國國旗釋出的尊重與肯定，才使我國同意復航。
對照賴名湯的日記內容看來，沈呂巡對日本復航的話，只說了一半，掩蓋了台灣也蒙受的重大損失，日本雖然要多花40分鐘航程，但是台灣的飛機要前往美國，中華航空每次要多花2萬美元，這個損失可能要大過於日本不能經過台灣飛航情報區，並不一定是沈呂巡所說的那般，日本損失大，所以向台灣採取低姿態。日本復航的另一原因還是田中角榮在1974年底下台了，換了三木武夫上台，日本政壇情勢略有變化，加上蔣經國也有政治現實的考慮，雙方才在1975年3月開始密商復航。
就算蔣經國沒有運用自民黨內政團給田中內閣壓力，日本政壇的情勢多變，也不是蔣經國能夠控制，蔣經國雖然沒有能夠擋下日本與北京簽民航協定，但是他利用自民黨內右派團體，的確讓自民黨內部發生了變化，田中內閣吃了大苦頭，當時自民黨內部派系鬥爭嚴重，日本與台灣斷航的議題，的確給了反田中派系操作的空間，田中內閣的民意調查支持度也不斷下滑，1974年末最後因為美國軍火商的洛克希德行賄案下台，這可能是台北方面始料未及。
1974年12月田中角榮下台，三木武夫成為日本新任首相。中情局分析台日斷航的政治效應，只提到大平正芳可能因為右派團體的批評，被迫辭職下台，卻沒有掌握到半年後整個田中內閣都沒了。
台日斷航將近一年時，根據賴名湯日記1975年3月引述秦孝儀的說法，台日復航有望，顯示雙方早已開始秘密談判復航問題。蔣中正總統在1975年4月5日病逝，副總統嚴家淦繼位，但是台北政壇非常明顯的是，蔣中正已經生病幾年，實際負責管理國家的是行政院長蔣經國，而不是當時的副總統嚴家淦。蔣經國是真正的實際權力擁有者，他在蔣中正死後不久，就成為國民黨第一位黨主席，但是對於國府的領導，蔣經國也不是大家想像那樣無所不能，蔣經國前一年對日本斷航的嚴厲措施，台灣受到影響也不小，當時日本首相三木武夫對蔣中正的辭世，表達了高度善意，還派出了包括兩位前首相岸信介、佐藤榮作等成員，很有份量的代表團參加蔣中正的喪禮，對台北表現出高度的善意。
