哲學問題與科學問題可以屬於不同層次。這是兩派人不屑彼此時常常沒注意到的事情。譬如，假設現在科學證明「腦神經決定了人類的行為，意識只是遲來不起因果作用的泡沬」，所以科學家宣稱「人沒有自由意志」。但「真正」的自由意志可能不取決於以上的理解，而關於什麼是真正的自由意志，這些自由意志是否存在，卻可以屬於哲學問題。
其他如時間、空間、心靈性質、道德、美學的本體問題也一樣，它們都與科學相關，科學會促進對這些問題的討論，但假如不斷追問下去，就越屬於哲學層次的問題。不過，這不能簡單地說哲學家把問題思考得比科學家深入，應該說只有哲學家會這樣思考問題。更重要的是，哲學確實需要追上科學的步仗，才能把形而上學問題弄得更清楚。在這意義下，科學像是牽頭者，哲學家需要跟著科學研究成果討論哲學問題。
這是在說哲學像隻跟尾狗嗎？也不是。形而上學的目標從來都是宏大的，企圖理解整個世界（包括非自然事物）的本質。科學能夠改變我們對自然世界的認知，但哲學是豐富、深化與系統化我們對整個世界的認知（包括對科學理論的認知）。只要一日有人問起哲學層次的問題，哲學研究就會有意義。但科學家不需要研究哲學，他們可以對哲學一無所知，但仍然偉大。因此，即使霍金在哲學上犯了一個低級錯誤，他仍然是偉大科學家。
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