過去台灣核能發電廠的廢棄材料（核廢料）都置放在台灣東部的離島蘭嶼——一個原住民族居住的小島，多年來飽受批評。輿論現在認為，若核四廠重新運轉，核廢料存放地又會成為燙手山芋。目前，許多台灣各縣市地方首長，不分黨派表都已表態反對核廢料「來到我家」。此外，也有反對聲音說，核四廠是蓋在地震頻繁的台北地震帶上，對安全有疑慮。
不過，同意方則說，核電具備低碳與穩定供電等優點，可降低空氣污染，對缺電的台灣也很重要。
另外一項是否要桃園「島礁」地帶的天然氣第三接收站（簡稱三接）遷離也是焦點之一。提案方希望該天然氣站撤出，但台灣中部許多民眾十分盼望天然氣站，能取代現在台灣倚賴甚深的中部火力發電廠。中部民眾認為，火力發電廠所造成的空污，長期以來嚴重影響他們的健康。
許多分析因此認為，影響台灣已久的環保問題終於在此次公投浮上台面：台灣正持續發展高耗能的半導體科技產業，但民間對於環保的要求也同樣高漲。而且全球氣候變遷下，台灣這兩年遇到嚴重缺水的問題，已經將問題嚴重性凸顯。
華府智庫布魯金斯協會（Brookings Institution）林夏如博士統計，在超過人口1千萬的社會，台灣人均碳排放量位居世界第八高，人均能源使用量甚至高於德國、日本和英國。而且，台灣有超過80%的能源供應，依然來自煤炭、石油或天然氣，可再生能源的比例只略高於5%。
她批評說，台灣使用再生能源的腳步仍落後，原因除了私人企業憂慮成本上升，台灣環保人士也有很多顧慮：「有人希望能加速脫離石化產業、反核運動者則要求關閉現有的核能電廠，還有些比較傳統的環境保育者，則是反對任何會傷害環境的能源生產方式。即將來到、而且備受爭議的藻礁公投，便讓上述分歧清楚地浮上了台面。」
無論立場如何，雖然台灣政府這幾年持續提出風力等綠色能源政策，但此次公投仍將考驗台灣民眾的環保意識能否與國際接軌。
台灣進口美國豬肉、牛肉歷史
- 1999年 美國開始使用「萊客多巴胺」（瘦肉精）添加於飼料
- 2003年 美國爆發狂牛症，台灣陳水扁政府禁止美牛進口
- 2005年 台灣開放美國低價豬肉進口
- 2005年 美國狂牛症再次爆發 台灣2度禁止美牛進口
- 2006年 台灣有條件開放美牛進口 僅限於30個月以下小牛
- 2006年 台灣將「萊客多巴胺」等多款瘦肉精列為禁藥
- 2007年 台灣向WTO預告將「萊客多巴胺」容許劑量，台灣豬農抗議
- 2009年 馬英九執政 台美簽訂牛肉議定書，開放30月齡牛肉等牛肉產品進口
- 2012年 國際法典委員會通過瘦肉精容許量為10ppb 台灣跟進開放含「萊客多巴胺」的美牛進口
- 2020年 蔡英文政府宣佈2021年比照國際標凖（CODEX） 進口含「萊客多巴胺」容許值以及30月齡以上牛肉進口台灣。
